小肠具有泌别清浊的功能。泌别清浊是指小肠在对胃初步消化的食物进行进一步消化的同时，随之进行的分清别浊的功能。小肠的“泌别清浊”功能有三个方面：一是将小肠消化后的食物分为清、浊两个部分；二是将水谷精微吸收，把糟粕部分排入大肠；三是小肠在吸收水谷精微的同时也吸收了大量的水液并将无用水液泌渗入膀胱而为尿。从这些我们可以看出，小肠在食物的消化过程中起着十分重要的作用。如果小肠出现问题的话，不但会引起消化功能失常，产生腹胀、腹痛等症状，还可能会影响到大小便的排泄，如小便短少，大便稀溏等。因此，要想保证食物较好地消化吸收，就要照顾好我们的小肠。

小肠不仅具有吸收功能，而且还具有分泌功能——它能分泌小肠液。小肠的分泌功能主要是由小肠壁黏膜内的腺体（十二指肠腺和肠腺）完成的。正常人每天分泌1～3升小肠液。小肠液的成分比较复杂，主要含有多种消化酶、脱落的肠上皮细胞以及微生物等。所含有的各种消化酶中，有肠激活酶、淀粉酶、肽酶、脂肪酶以及蔗糖酶、麦芽糖酶和乳糖酶等，这些酶对于将各种营养成分进一步分解为最终可吸收的产物具有重要作用。

小肠液的分泌受多种因素的调节，其中食团以及其消化产物对肠黏膜的局部刺激（包括机械性刺激和化学性刺激），可引起小肠液的分泌，这些刺激是通过肠壁内神经丛的局部反射而引起肠腺分泌的。小肠液的作用主要是进一步分解糖、脂肪、蛋白质，使它们成为可吸收的物质。大量的小肠液，可以稀释消化产物，使其渗透压下降，从而有利于吸收的进行。

小肠泌别清浊的功能决定了小肠经的治疗范围。《黄帝内经·灵枢·经脉篇》说，小肠经是“主液所生病者”。“液”包括月经、乳汁、白带、精液以及现代医学所称的腺液，如胃液、胰腺、前列腺和滑膜分泌的滑液等，所以凡与“液”有关的疾病，都可以先从小肠经来寻找解决办法。