无论书店文化底蕴有多丰厚，信誉度有多高，似乎都摆脱不了倒闭或者停业的困境，而且倒闭之因如出一辙：资金链断裂，书店房租、水电、用工等运营成本上涨，销售量持续下滑，最终无法偿还出版社的书款。随着网上书店和数字出版的日益活跃，民营实体书店正面临严峻的生存挑战。
2012年1月，国内最大的民营连锁书店光合作用书房在厦门的5家直营店全部关门。遭到供应商哄抢的大望路店内只剩书架，还有店门上面的黄底黑字“光合作用”的招牌。而在商场内的光合作用书房分店——如庄胜崇光店、新光天地店和银座店，甚至连招牌都没有留下。最后，光合作用书房在北京的7家直营店和厦门的分店已全部关闭。
而就在2012年的春节前，成都时间简史书坊、上海万象书店猝然倒闭。已有近20年历史的著名学术书店风入松停业，季风书店关了4家门店。
与新华书店等国营书店相比，像光合作用这样的民营书店的销售利润并不能够占优势。销售量占优的网上书城与国营书店平起平坐，直接面对第二级批发市场，拿货成本仅为民营书店一半，如此一来，二者销售额必定会有很大差别。曹章武透露，去年纸老虎集团利润率约5%，在行业内已算“挣得多的”。由于民营企业几乎没有融资渠道，因此很难扩大规模、降低采购成本。实际的房屋租金和昂贵的税收租金是民营书店需要面临的最大开支。
随着商业地产持续升温，租赁价格成为最大的成本增长点。物业成本、租金上涨是民营企业利润下滑的最主要原因，很多公司物业费已上涨一倍，几乎吃掉了全部利润。在网络书店大打“低价”与“便捷”两张王牌、抢占生意的时候，民营书店正在为房租发愁。
店面租金昂贵使光合作用书房承受了巨大压力。光合作用书房的7个直营门店均位于大望路、宣武门、东直门等商业核心区，每平方米租金平均约25元/天。当初风入松书店停业搬迁的时候，也提出每月5万元的房租，成为书店最大的压力。
2009年，季风书园在上海市区仅存的陕西南路站门店遇到危机，在上海市新闻出版局等各方努力下，书园终于保住，并签订了“2+1”租约，即前两年为承租期，第3年为优先承租谈判期并商谈后面的合同事宜。
最终季风书园在2012年初与出租方再次续约到2012年底，租金略有上调，至每日每平方米5元多。但这已是对方已经给予了极大优惠的最低“友情价”。这样，1000多平方米营业面积的陕西南路门店每月至少要付15万元房租，这笔租金相比饱受网络市场冲击，连连下滑的营业额，过于沉重了。
低利润不仅源于成本的挤压，税收也是民营书店的沉重负担。目前民营书店要上缴8%的营业税和33%的企业所得税，这部分负担是国营书店没有的。三味书屋店员坦言，虽然没有房租压力，但三味书屋仍有不小的运营压力，其中开销最大的一部分就是税收。
以时尚廊为例，目前在世贸天阶的书店，总面积1000平方米，每年房租高达200余万元。虽然今年在图书和百货销售上增长30%，但时尚廊书店前期投入达2000多万元，每年的运营成本也以10%的速度在增长。一年下来，亏损200余万元已算正常。位于西城区佟麟阁路的三味书屋，自1988年创建以来已度过23个年头。灰色的墙体虽然已经翻新重建，但木质的花窗仍透出丝丝古韵。目前，三味书屋在售图书数量约为7000?8000册，但由于没有折扣，走量小，仅能勉强支撑生存。
客观说，如今民营实体书店生存实在艰难，但这并不意味着民营实体书店的发展已经到了穷途末路之时。绝处也能逢生，夹缝里也能生存。只要经营者对图书销售抱有一以贯之的热情，就能不断提升图书运营服务品质，积极探索多种经营形态，从而摆脱经营困境。
一个成功案例是美国最大实体书店巴诺书店（Barnes&Noble）。过去40年里，巴诺书店一直是美国最大的书籍销售市场，除了线下的强大实体店，巴诺还是全美第二大网上书店，仅次于亚马逊，当前市值不低于10.5亿美元。
目前，巴诺大学书店服务于全美500多家高等院校，是全美最大的大学连锁书店。在大学图书销售方面，巴诺大学书店在全国各地拥有365家分店，其中有些分店早在1997年就已经开办了网址，年底时巴诺已经拥有370家网上大学书店；1998年又有80家分店实现了上网；1999年，巴诺大学书店成立了教材网上书店。巴诺书店的经理罗斯认为开设网上教材书店会大大促进店铺销售。
对于实体书店来说，应当从以下方面积极转变。第一，转变经营模式，学习星巴克的经营方法，变卖书为卖生活方式，通过书店与生活方式的结合创造新的文化氛围，获得品牌溢价；第二，把握互联网发展潮流，将线下的实体书店与线上的网络书店相结合。但是，多元化经营适合规模较大的书企，大部分规模较小的民营书店不具备多元化经营的实力。
值得注意的是民营企业要摆脱困境除了要自力更生、自强不息外，政府部门也要积极作为，一方面在资金、税收上给予一系列倾斜和扶持，另一方面出台一些优惠政策，组织民营书店参与农家书屋，让民营书店像超市一样在社区安家落户。
实体书店是网购无法替代的，志趣相投的人在此以书会友，可以享受到淘书所无法体味的乐趣。书店已经不仅是一个销售图书的店铺，还是一个文化传播、文化休闲、文化修养的平台，固态的文化传播需要实体书店，读者在精神层面深层次的交流也需要实体书店。