历史上南京曾多次遭受战乱，但亦屡屡从瓦砾荒烟中重整繁华。南京被视为中华文明的复兴之地，在中国历史上具有特殊的地位和价值。

公元前571年，楚国在今六合设棠邑，置棠邑大夫，这是南京有历史记载的最早的地方建制，也是南京建城的开始。公元前472年，越王勾践灭掉吴国后，令大臣范蠡在秦淮河畔修筑越城，这就是南京最早的古城。范蠡率领越国士兵在现在的秦淮河南边、雨花路西侧的高地筑城，以对付西面的楚国。公元前333年，楚威王熊商于石头城筑金陵邑，金陵之名源于此。之后，秦国灭楚，将金陵改为秣陵。

南京正式成为都城是在公元229年，这一年孙权称帝。其实早在211年，孙权就听从谋士张紘的建议，将都城从京口，也就是今天的镇江，迁到了秣陵。212年改秣陵为建业。

西晋永嘉之乱后，中国北方进入混乱的五胡十六国时期，晋元帝司马睿从京师洛阳渡江至建业，建立东晋，并改建业为建康。当时大批缙绅﹑士大夫及庶民百姓随之南下，史称“衣冠南渡”，这是中原汉人第一次大规模南迁。中华文明得以保留，并向南方迁移。

后来，南朝的宋、齐、梁、陈，都将都城定在建康。吴、东晋、宋、齐、梁、陈合称六朝，因此，南京被称为六朝古都。六朝时期的建康城是当时世界上最大的城市，人口达百万，是世界上第一个人口超过百万的城市。它和当时的罗马城并称为“世界古典文明两大中心”。

六朝的建康城在中国古代都城发展史上具有重要地位，首开都城中轴对称布局的先例，其平面布局、建筑形制对后世影响深远，并深刻影响到东亚各国。六朝的皇宫台城，上承秦汉下启隋唐，深远影响了后世都城建设的形制。

隋朝灭陈后，隋文帝下令荡平建康城，于是都城、州城、郡城荡平为田地，官署、宫殿等建筑都被拆毁，六朝都城化为一片废墟。

五代时期，南唐定都金陵。南唐皇帝李煜，写下了“问君能有几多愁，恰似一江春水向东流”的诗句。

明朝在南京建都的五十多年，是南京城市发展最快，政治地位最高的一段时间。朱元璋称帝后，开始大规模营建南京。明南京城采用了“斗城”与“重环相套”融合的形制，其规划设计主要是仿效宇宙天象的投射，并根据南京丘陵、河湖等地理条件，结合南京旧有的城垣以及军事防御的需要等，使规模宏大的南京城墙在整体上呈现出“南斗与北斗”聚合形布局。

朱元璋在选择宫城位置时，避开了整个旧城，在旧城东面、富贵山以南的一片空旷地方建造新宫。他又把旧城西面和北面比较大的一片区域围入城内，给20万军队提供建营驻扎之处。这样规划后，南京城的城东是皇城区，城南是居民区和商业区，城西北是驻军区。环绕这三区修筑了外廓城，同时依照山丘、湖泊、河流的样子，从防御需要来建设。幕府山、钟山、雨花台等重要山峰都包括在里面，起到了很好的防卫作用。

明南京城为四重环套，内为宫城。宫城的布局以富贵山作为中轴线的基点向南展开，前列太庙和社稷坛，是标准的“左祖右社”格局。宫城外为皇城，皇城南面是文武官署，正阳门外为祭祀天地的礼制建筑，形成了明清两代都城布局的范式。后来明成祖迁都北京，整个北京的重新建设，“规制悉如南京”。再外为京城，就是现在的南京老城。整个都城共设十三座城门，其中通济、聚宝、三山的三座门是南部突出部分的城门，建筑尤其坚固，各有三重到四重门洞。

明城墙长达35.267公里，是世界第一大城垣。明初定都南京只有50多年，其中建造城墙的时间就达21年。

在冷兵器时代，城墙是最重要的防御工事。城墙的坚固，不仅体现着帝王的威严，更直接关系着国家的安危。筑造城墙时，丝毫不能懈怠，工程质量是头等大事。明城墙十分坚固，平均高度在20米以上，宽度在10米以上，城墙外层用特制城砖砌成，并用花岗石为基础，在砖缝内灌入桐油、糯米浆和石灰汁，来加强黏合力。所用的城砖，由沿长江各州府的125个县烧制后运抵南京使用，每块砖上都印有监制官员、窑匠和夫役的姓名，对于城砖质量要求的严格可想而知。明城墙历经600多年风雨，到今天依然固若金汤，秘密就在于它修建过程中严格的质量管理。

清朝末年，太平天国定都天京，固守南京11年。六朝建都于南京，加上南唐、明洪武时期、太平天国都建都于此，所以南京被称为“六朝胜地，十朝都会”。