秦始皇在确立了中央集权制度的同时，在中央设立了三公九卿制度，协助皇帝处理全国政务。三公即丞相、太尉、御史大夫，分别掌握行政、军事、监察大权。三者相互制约、互相牵制，俗称“三权分立”。

秦代的“三权分立”与西方常说的“三权分立”本质不同：前者是为了保护最高权力（皇权）不受威胁；后者则是为了制约最高权力，防止权力滥用。

中国古代君主之下的最高行政长官一般俗称“宰相”。根据钱穆先生在《中国历代政治得失》中的观点，宰相的“宰”是有来历的：封建时代，贵族家庭最重要的事情是祭祀，祭祀最重要的事是宰杀牲牛。从这个角度来讲，代表皇帝管理“国”这个“家”（皇帝一家世袭，史称“化家为国”）的就是“宰”，而“相”是辅佐的意思，因此宰相，就是皇帝的管家。

在秦汉时期，宰相既负责国家政府，同时还兼管皇帝的家事。历史上，宰相与皇帝之间始终有着非常微妙的关系——权力制衡。

与汉代相比，唐代宰相的权力相对分散。汉代只有一个宰相，宰相下面设有副宰相、御史大夫（掌握监察权）。宰相掌握全国行政大权，遇到重要政事，皇帝、宰相与其他廷臣共同商讨决定。而唐代实行三省制——中书省、门下省、尚书省，分割了相权，中书省负责起草政府法令，门下省负责审核，尚书省负责执行（但没有参与、决定政令的职能）。国家大事由许多人共同负责，凡事经各部门商讨决定，形成了权力的制衡。

中书省的“拟诏”，经过门下省的认真审核，如果没有通过，就会被送返。门下省除了有针对中书省的审核权，还有针对皇帝敕令的副署权，也就是即便是皇帝的旨意，没有门下省官员的副署，仍然不具有法律效力。

武德九年（626），唐太宗听信封德彝的建议，下诏征点十八岁以下的男子当兵，诏书送至门下省，遭到魏徵反对，被驳回。最终，李世民在听取魏徵意见后，收回成命。可见，皇帝也不是“一言九鼎”“一个人说了算”的。在汉、唐、宋诸代，因为皇权与相权分离，宰相掌握下政府所代表的士大夫阶层，是参与国家管理的重要组成部分。比如宋代，我们熟悉的范仲淹、欧阳修、王安石、司马光、苏轼等人，他们都是当时杰出的政治家，是国家治理、政治改革的提出者与实际运作人。

中国的“皇权专制”在明、清两代达到了顶峰。洪武十三年（1380），朱元璋废除宰相制度，并告诫以后的皇帝不再设立宰相之位。明成祖时，设立“内阁”，内阁大学士备皇帝顾问，协助皇帝处理各种政务，内阁逐渐成为事实上的行政中枢。