1889年1月3日，尼采在意大利都灵的大街上造成了一场混乱：他走向被马夫鞭打着的马，抱着马的脖子哭了起来。混乱发生前，跟尼采还保持联系的朋友已经倍感担忧，因为他们从尼采那里收到许多令人不安的信。信中写着“我在秋天被埋葬两次”等与当时时事有关的内容。他也写信给瓦格纳的夫人说“我爱你”。他的署名大多为狄奥尼索斯（Dionysius），有时也署名为“被钉死的人”。那些语焉不详的信还提到“德国皇帝应该去罗马开战”，或是“尼采已经创造世界”等话语。当这些朋友收到信并赶到尼采在都灵的居所时，旅店的老板正看顾着尼采以防他发生什么意外。那时，尼采弹着钢琴，吟唱着，并叫喊着《狄奥尼索斯颂歌》（Dionysos-Dithyramben）。由于病情严重，他很快被安排住进精神病院。

1893年开始，尼采的著作被有系统地安排，连作品出版也受到控制。控制者不是别人，正是他的妹妹伊丽莎白。那时她丈夫因自杀去世，所以她回到尼采所在的魏玛。伊丽莎白和恋爱漫画中那种可爱的“兄控”妹妹完全不一样，她虽有着强烈的控制欲望，但她展现出来的谋略却不是那些只会撒娇的妹妹们可以比的。早在1882年，她和莎乐美相遇时，她就已经表现出那种充满嫉妒及高傲的态度。她认为莎乐美应当为哥哥发声，而莎乐美却没有在公开场合积极为尼采辩护。她们还曾在搭车外出时发生激烈争吵，以致伊丽莎白对莎乐美充满恨意——这也是前面所提，尼采认为妹妹是破坏姻缘的凶手的缘故。

尼采生前跟妹妹（还有妈妈）的关系时好时坏。当伊丽莎白重新控制尼采著作的出版权时，兄妹之间已存在的问题更为严重。特别是1897年母亲去世后，伊丽莎白完全控制了他的生活。她最终选择与加斯特合作整理尼采的作品。同时找上鲁道夫·斯坦纳（Rudolf Steiner），与这位尼采第一本传记著作者成为合作伙伴，并希望斯坦纳能帮助她理解哥哥的哲学内容（不过几个月后斯坦纳放弃了，她就是学不会）。伊丽莎白最具争议的作为之一，就是将尼采未发表的手稿整理成《权力意志》（The Will to Power）一书并出版，伊丽莎白凭借个人喜好重新整理，若说这本著作能代表尼采，或许有些争议。但有学者指出，伊丽莎白在这期间重新建构了尼采为德意志精神的象征。1897年，当尼采搬到银光别墅时（这房子现已成为尼采档案馆），她已经大量搜集尼采的文稿，甚至搭建了一个小舞台，让生病的尼采上去对大家挥手致意。而这或许正是伊丽莎白贯彻她认为的权力意志的表现。

尼采在1898年与1899年连续两次中风，以致无法走路或说话。1900年8月，他三度中风，最终病逝。他没有结婚，两位明确的求婚对象——除莎乐美外，还有他在1874年热烈追求过的玛蒂尔达（Mathilde Trampedach），都因为他过度热情的追求而受到惊吓。最终在妹妹的陪伴下（或控制下），尼采走完了人生最后10年。他和叔本华一样，周旋在女性家人的中间，受尽伤害、忍受痛苦，最终产生对女性的厌恶感，终生不婚。