1813年，克尔凯郭尔出生在哥本哈根一个富裕的家庭。母亲原是女仆，后来嫁给克尔凯郭尔的父亲——这已是父亲的第二段婚姻。除父母外，家中有七位兄弟姐妹，克尔凯郭尔是最小的。当时哥本哈根的人以基督教为国教，一出生即自动成为基督徒。克尔凯郭尔在此背景下以成为神职人员为人生志向，接受家中栽培，从小学习哲学与文学。到1838年，他的父亲过世时，家族仅剩下克尔凯郭尔与大哥彼得两人。他们家原本一共9人，但一个接着一个过世，父亲是第7位！这种悬疑小说般的设定，背后藏着家族的秘辛。

根据克尔凯郭尔名为《大地震》的手稿，加上当时的传闻及后世学者的研究，克尔凯郭尔人生的大地震可能与家族的秘密有关。父亲在第一任妻子病重时，因一时情欲占有了当时还是女仆的母亲。父亲发现母亲怀孕，加上第一任妻子离世，遂决意续弦（作为补偿与遮羞布）。克尔凯郭尔认为，神在震怒下给父亲与这个家惩罚：父亲必须亲眼看见家人不断离世。克尔凯郭尔认为即使父亲走后，自己仍须面对这种报应——此点影响了他面对与心爱的未婚妻雷吉娜（Regine Olsen）的感情。除了这件事，另一个深刻影响到克尔凯郭尔的，是他在20岁那年因一时兴起前往窑户寻欢——多年后，他在日记里重提此事。不过当时他似乎还不清楚家族的秘密。等到日后得知父亲的秘密，且将秘密与自己夜探窑户相连时，克尔凯郭尔对自己的谴责变得更加强烈。

除了内心的煎熬，克尔凯郭尔对自己的长相可能也有些自卑。他在日记里是这样形容自己的：头发蓬松，身材纤细，双腿瘦弱，时常因思考而驼背。为了让自己在哲学表达意见上更为有力，他除了以自己的本名写书外，还以笔名Johannes Climacus写作，通过不同的名字发起文章争论，形成左手打右手的景况。这个做法让他在1845年到1846年间卷入一场笔战：笔战起始于《海盗》（The Corsair）杂志总编莫勒尔（Peder Ludvig M?ller）的文章。莫勒尔认为虽然克尔凯郭尔富有才能，但他怀疑克尔凯郭尔是否有能力写出好书。克尔凯郭尔被激怒了，撰写两篇文章回击：一篇攻击莫勒尔人格卑劣，另一篇大骂《海盗》是不入流的八卦杂志。克尔凯郭尔挑明，莫勒尔攻击他只是为了迎合哥本哈根的读者。莫勒尔手下另一位编辑戈登施密特（Me?rAron Goldschmidt）也非常生气，接连几个月发动一系列针对克尔凯郭尔的攻击——嘲讽他的外形、说话的声音，甚至是他的生活习惯（幸亏当时没有电视，否则戈登施密特可能会天天上谈话性节目当“名嘴”，拿克尔凯郭尔开讲）。克尔凯郭尔在日记里写下这些事情，甚至还考虑如何和莫勒尔等人和解。

不论这件事本身结果如何，都对克尔凯郭尔产生了巨大影响。他认为当自己“讽刺性地跃入《海盗》杂志及论争时，就显明这本杂志背后并无值得尊崇的理念”。不过杂志社很开心，他们因此增加了两三千位订户。克尔凯郭尔不客气地说，这件事如此具有讽刺性，但杂志却连什么是讽刺都不懂。他更在日记中痛苦地写道，《海盗》抓住每一个可以攻击他的机会，连他去拜访某人都可以被挖出来大做文章，造成朋友的尴尬，让朋友对他感到愤怒。从我们现在的角度来说，克尔凯郭尔或许会被当作一个搞笑表情包，适用在任何嘲笑人的场合中。