理藩院是清代管理蒙古、回、藏等少数民族事物的中央机构。清朝统治者一向重视与蒙古人的关系，于崇德元年（1636年）专设蒙古衙门，三年六月，改称理藩院，属礼部。清军入关后，理藩院成为清政府专设的处理各少数民族事务的专门机构，其官制同六部，设有尚书、侍郎。清统治者通过理藩院加强与各少数民族的联系，拉拢他们。康熙年间，修订《理藩院则例》，用法规固定了对少数民族地区统治的各项措施。理藩院有旗籍、王会、典属、柔远、徕远、理刑六个清吏司，分掌部界、封爵、设官、户口、耕牧、赋税、兵刑、交通、会盟、朝贡、贸易、宗教等项。所属有内馆、外馆、俄罗斯馆及蒙古官学、唐古特学、托忒学等单位。理藩院派有司员、笔帖式官员常驻少数民族地方，处理特定事务。为防止其坐大，定期轮换。另外，理藩院有时还出面接待附属国及其他外国使臣。

理藩院虽然权力不大，但其在清政府的政权机器上是一个相当重要的部件。光绪三十八年（1906年），理藩院改为理藩部。