沃森为儿子在柯克的旁边安排了独立的办公室，并且为他配了一个秘书，但仍是作为柯克的助手。小沃森虽然从柯克那里学到了很多东西，但是与柯克共事时间越长，他越是难以忍受，难以忍受柯克不修边幅邋里邋遢的外表，难以忍受柯克蹩脚的演讲。
更加让他难以理解的是，与父亲完全不同的柯克怎么会与父亲成为关系如此亲密的人，他不喜欢父亲身上显现出柯克的一面，也难以接受柯克让雇员们在人员和职务上频繁地调换，因为这太不通情理了，而且他认为柯克在解雇和降职问题上搞得十分过分，因为柯克不像沃森那样先给予批评，到万不得已时再考虑解聘的事，而是直接解聘那些达不到要求的雇员，这让小沃森觉得很不近人情。
在一些决策上的意见相左，再加上本来就存在的裂隙，小沃森与柯克的关系变得越来越紧张。有一次，柯克因为一名雇员提出了一些关于工作上的异议，而直接把那位雇员降职，并且当这位雇员因为家庭情况和有病的原因不接受调动时，柯克不为所动，最后逼得雇员离开了公司。听说这件事后，小沃森火冒三丈，因为他知道那位雇员为人很不错，也很有工作能力，当小沃森听说父亲支持柯克时，更是怒火中烧。
他终于决定不再继续容忍柯克了，1947年4月的一天，他敲响了沃森的办公室门，告诉他要退职的消息，并说：“爸爸你看，柯克在这儿，我能同你雇用的所有人和睦相处，只有柯克例外，他同我不是一类人。他太粗暴了。而且他只比我大9岁。我如果留下来，在他退休之前我要为他工作22年。随后我将主事8年，到那时我也该退休了。这种前景我无法接受。”
对于儿子的话，沃森很是震惊，柯克是他最得力的助手，是自己欣赏的人，让儿子在他身边也是为了让儿子学到更多东西，可是他不懂为何儿子对柯克有那么多的不满，他试图改变儿子的看法，与他争论起来，可是小沃森却一点都没有听进去，最后夺门而去。
沃森放心不下，下班后让司机开到了儿子的公寓，可是家里没有人，他便在图书馆等待，边等边想着事情的发展，可是怎么想都在他的预料之外，而这一等，便到了午夜时分，晚归的小沃森看到父亲的司机和车子很是吃惊，看到在昏暗的灯光下，父亲弓腰耸肩坐在椅子上的虚弱和衰老的样子，他的心紧紧缩了一下儿，他看到沃森伸出手，对他说：“汤姆，你可不能这样对待我呀。你不能走。”
在午夜自己的公寓，看到父亲如此衰老和动容的面容，小沃森心里很不是滋味，他仿佛听到父亲在说：“请不要毁掉我毕生的心血。”可他还是硬下心肠，对沃森说：“你看，爸爸，你是一个老于世故的人。你看得出来，你就是把所有的人物都招来，管我们叫史密斯先生和琼斯先生也改变不了现实，我现在34岁，要干到56岁才能有机会掌权。”
沃森赶紧说：“我理解你的意思。”良久，他接着说，“这样吧，你带柯克先生到欧洲去，把他介绍给那里的经理们，我来想个办法。”其实沃森想要给儿子和柯克更多的空间相互了解，借此使事情出现转机。
可是那时候沃森不知道，这一次，柯克再没有从欧洲回来，他的急性心脏病发作，死在了异乡的酒店里。当得知这个消息时，沃森很是痛惜自己失去了一个好帮手，可心中也莫名地松了一口气，因为久久萦绕在心头的大麻烦不见了，虽然他为这样的想法感到愧疚，但是他的儿子也再没有理由离开IBM。
沃森请来了一大群总裁出席柯克的葬礼，在那个重大而肃穆的场合，作为IBM的最高领导人，他空前绝后地保持静默，没有主持也没有讲话。他就那样肃穆地站着，听着人们致悼词，怀念着柯克的林林总总。
整个仪式一共两个半小时，他就这样默默地站了两个半小时。但是，当送葬的队伍走出教堂时，他情绪激动地挤进抬棺人之间，扶住了棺材的外沿，那一刻他一定在心中说着：“兄弟，一路走好！”
柯克去世后，小沃森在IBM越来越崭露头角，他的地位越来越高，声望也越来越显赫，当然这一切，都少不了沃森浓浓的父爱包裹下的一颗心，在小沃森成绩不佳、毫无目标时，他给他全部的支持和爱，在小沃森初到IBM并涉足商界时，他悄悄帮他打开一扇扇大门，让他得到帮助和历练，而在小沃森慢慢走向权力的顶端时，他也要给他告戒，使他戒骄戒躁。
1948年，沃森的小儿子迪克拿到耶鲁的国际关系学士学位后，也进入了IBM，从推销员开始干起。与小沃森不同，迪克一直是沃森骄傲的儿子，虽然他比小沃森小5岁，但却是样样拔尖，在学校成绩优秀，运动细胞发达，并且语言的组织和表达能力强，善于待人接物。小沃森这样评价自己的弟弟：“他举止优雅，得体，颇有魅力。他能歌善舞，常常是晚会上让人开心的中心人物。迪克样样出色，和他相比总让我觉得自己不成器。我想人们佩服他，是因为他实现了父亲的期望，而我却没有。”
那一年，沃森已经是即将75岁的老人，他害怕自己时日无多，害怕自己没有足够的时间让自己的小儿子经历像大儿子那样的历练过程，并且小儿子一直以来的优秀和稳重也使他有足够的理由相信迪克能够在短时间内独当一面，他希望以后在IBM，两个儿子能够同心协力，共同经营，而趁他还在IBM的时间里，要做的是在两个儿子间找到平衡点，自己能把IBM放心地交到他们的手中。
只是他在自己的蓝图里勾勾画画的时候，现实已经把他的梦想击得粉碎，因为小沃森已经看出，他想要在短时间内把迪克提拔起来的意图，并以为他想要把半个IBM传给弟弟，对此小沃森很是恼火，迪克仅仅8个月的时间就能够和在IBM待了将近6年的自己平起平坐，这让他很是不爽，而这种心理所营造出来的矛盾，在以后的日子里，注定让沃森很是头痛，注定要不断地徘徊在两个兄弟之间，去努力寻求两兄弟间的平衡。