在清代的历史上，“盛世”一称几乎是和乾隆皇帝同时诞生的。康熙五十一年(1712年)，即弘历诞生的第二年，他的祖父康熙皇帝向全国臣民宣布，现在库帑充裕，从明年起，人丁不再征收丁银(人头税)，此举不止有益于民，亦国家一大“盛事”也。史家从此就把这一划时代的历史事件称美为“盛世滋生人丁，永不加赋”。
乾隆二十四年(1759年)岁末，当平定准噶尔取得最后胜利的报捷红旗驰递到京师时，乾隆感慨地说：“乃者关门以西，迄乎大漠，虽亘古不通之境，究以国家全盛余力而定之。”承继父祖余烈，乾隆终于将国势推向了全盛的巅峰。
回首往古，环顾宇内，站立在盛世之巅的乾隆皇帝将何以自处呢?
乾隆四十九年(1784年)，第六次南巡，也就是最后一次南巡即将结束回銮时，乾隆在杭州颁发了一篇重要的历史文献——《南巡记》，总结即位五十年来一共做了两件大事：一件大事是“西师”，另一件大事是“南巡”。乾隆一生文治武功不暇细数，在《南巡记》里，“西师”何以被列为悠悠万事中的头等大事呢?乾隆并没有加以申说，为了解皇帝内心深处的想法，就有必要先把“西师”的原委说一下。
明朝末年，强盛一时的蒙古分裂为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三大部落。清人关前，漠南蒙古先已归附了清朝，成为清军征服中原地区最忠实可靠的盟友。漠南蒙古大致相当于今天的内蒙古，在它北面是漠北蒙古，其牧地在今天蒙古共和国一带，当时称为“喀尔喀”，是明代蒙古中兴之汗达延汗的后裔。喀而喀从西向东又分为扎萨克图汗、土谢图汗和车臣汗三部。扎萨克图汗部隔阿尔泰山与漠西蒙古毗邻，清朝称漠西蒙古为“厄鲁特”，在明代称这部分蒙古人为“瓦剌”。厄鲁特的牧地东起阿尔泰山，西至斋桑泊，南起伊犁河谷，北到鄂毕河、托博尔河上游，又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特和辉特等部。清初准噶尔部在噶尔丹汗领导下，逐渐统一了厄鲁特，又控制着天山南路清人称为“回部”，实际上是信奉伊斯兰教的维吾尔族人居住的广阔地区，势力非常强盛。清朝人就把厄鲁特也称为准噶尔。准噶尔一方面遏制了正在向东进行殖民扩张的俄国对中国土地的蚕食，捍卫了祖国西北边疆地区的安全，另一方面又怀有雄心壮志继成吉思汗之后完成蒙古统一的大业，进而与清朝争夺天下，这就不能不成为刚刚在中原地区立住脚跟的清朝最强大最危险的敌人。
康熙初，喀尔喀扎萨克图汗与土谢图汗部之间大起刀兵，这就为准噶尔提供了东进统一蒙古的大好时机。康熙二十九年(1690年)，强劲的准噶尔骑兵在残破喀尔喀扎萨克图汗部与土谢图汗部之后，兵锋南指，逼近漠南蒙古乌兰布通，京师震动，康熙皇帝亲自率兵出古北口，揭开了与准噶尔长达七十年战争的序幕。乾隆说的“西师”，实际上最早应发端于此。康熙时曾三次出塞亲征漠北，最后准噶尔汗噶尔丹兵败走死青海，而喀尔喀则全部归附清朝，与漠南蒙古一起成为清朝皇帝进一步完成祖国大一统的强有力的同盟军。终康熙之世，清朝与准噶尔的冲突并没有止息，而双方争夺的焦点是对西藏，特别是对喇嘛教大教主达赖喇嘛的控制权，因为他们都十分清楚，谁控制了西藏和达赖喇嘛，也就控制了笃信喇嘛教的实力强大的蒙古人。
噶尔丹败死后，准噶尔并没有放弃与清朝争作中华帝国主人的努力。这时准噶尔汗已经换成了噶尔丹的侄子策妄阿喇布坦汗。康熙晚年，策妄阿喇布坦汗出兵穿越大戈壁占领拉萨，西藏陷于混乱，康熙毅然出兵安藏，将准噶尔驱逐出藏，并护送六世达赖喇嘛从青海人藏坐床。这样，清朝就进一步巩固了在西藏和青海蒙古、喀而喀和漠南蒙古的统治，但与准噶尔之间你死我活的斗争还远远没有结束。康熙把他消灭准噶尔的遗愿交给了雍正皇帝去完成。
整个雍正朝十三年几乎都是在对准噶尔的备战与决战中度过的。雍正初大将军年羹尧平定青海罗布藏丹津叛乱，实际上是康熙出兵西藏之战的继续。罗布藏丹津兵败后又投奔准噶尔，使清准关系更加恶化。雍正对准噶尔战略地位的重要性实在太清楚了，正如他在心腹重臣鄂尔泰密折上朱批所讲的：准噶尔不比俄罗斯、安南等外国。准噶尔一日不平定，西藏事一日不能安稳；西藏料理不能妥协，众蒙古就难免怀有二心——此实为国家隐忧、社稷生民忧戚所系。所以圣祖康熙皇帝明察事之始末利害，立意灭取准噶尔、安定西藏者，圣知灼见，不得已，必应举者也。基于如此清晰的对战略大局的判断，雍正知道与准噶尔的一场生死决战必不可免。因此在平定罗布藏丹津之乱后，便积极而稳妥地从政治体制、经济财政以至兵马粮草等多方面进行了秘密的备战工作。雍正七年(1729年)命西北两路大军出征准噶尔，但战争尚未开始，准噶尔先发制人，突袭清军西路军营，第二年又在和通泊大败北路清军，清军损兵折将，为之气夺。准噶尔骁将大小策零敦多布乘机率大兵进袭喀尔喀，情势空前危急。幸亏喀尔喀赛因诺颜部郡王、额驸策零率训练有素、军纪严明的蒙古军在雍正十年(1732年)取得光显寺大捷，击杀准噶尔万余人，“河水数十里皆赤”，这才勉强挽回败局。经过光显寺一战，准噶尔元气大伤，请求议和。清准双方经反复交涉谈判，直到乾隆皇帝即位后才划定游牧界限，准噶尔保证不越过阿尔泰山，清朝方面保证喀尔喀不越过扎卜堪。这样，清准这两个死对头就保持了相当长一段不稳定的对峙状态，双方之间的贸易也有所发展，但彼此不共戴天的基本形势并未改变。
乾隆十五年(1750年)准噶尔发生内讧，一批批数以万计的准噶尔部落人众陆续投向清朝，乾隆准备抓住这个天赐良机。
策妄阿喇布坦汗之后，先是噶尔丹策零继为准噶尔汗。乾隆十年(1745年)噶尔丹策凌去世，他的嫡子年方十岁的策妄多尔济那木扎勒于第二年嗣汗位。乾隆十五年晚些时候，乾隆得到确切情报称，策妄多尔济那木扎勒为其属下所拘禁。原来噶尔丹策零去世时遗有三子一女——长子喇嘛达尔扎，庶出；次子策妄多尔济那木扎勒，嫡出；幼子策妄达什；女儿乌兰巴雅尔。因策妄多尔济那木扎勒汗年岁幼小，就由其姐乌兰巴雅尔代管政务。策妄多尔济那木扎勒及汗位后淫乱昏暴，乌兰巴雅尔时加规劝，策妄多尔济那木扎勒不但不听，反疑乌兰巴雅尔，将其拘禁。乾隆十五年(1750)夏，策妄多尔济那木扎勒密谋欲谋害其兄喇嘛达尔扎，结果事机不密，乌兰巴雅尔之夫赛音伯勒克与准噶尔大头目联合先动手，起兵将策妄多尔济那木扎勒擒住，刺瞎他的双眼，送往阿克苏囚禁起来，随即立喇嘛达尔扎为大台吉。据乾隆得到的情报称，当下准噶尔“诸台吉皆觊觎大位，各不相下，喇嘛达尔扎篡弑得国，其危亡可以立待”。
果然不出所料，乾隆十七年(1752年)十一月，大策凌敦多布的孙子大台吉达瓦齐起兵突入伊犁，杀死喇嘛达尔扎汗，自立为准噶尔汗。消息传来，乾隆开始调兵遣将加紧备战，但公开发布的谕旨仍说“我大国断无乘乱兴师之理”。乾隆十八年冬，准噶尔杜尔伯特部台吉车凌、车凌乌巴什、车凌孟克(即所谓“三车凌”)苦于内乱不已，率所部三千余户、一万余人，离开长期住牧之额尔齐斯河归附清朝。这件事使乾隆最后下决心对准噶尔开战，以完成父祖两代“灭取准噶尔”的未竟之业。
乾隆十九年(1754年)五月，乾隆密定明年两路进剿准噶尔。他对军机大臣说，准噶尔内乱已有数年，外部又有哈萨克为难，他们人心离散，而在我恰逢可乘之机。朕意机不可失，明年准备两路进兵，直逼伊犁，即将三车凌等分驻游牧，众建以分其势。此从前数十年未了之局，朕再三思之，有不得不办之势。“不得不办”，其实就是雍正说的“不得已，必应举者”的意思。可见他们祖孙三人在乎准战略重要性的认识上是一脉相通的。乾隆和军机大臣计议已定，立即开始紧张准备一应兵丁、驼马、粮饷等事宜，计划西北两路进兵，北路派兵三万名，西路派兵二万。按每兵需马三匹计算，共马十五万，另需驼一万六千只、羊三十万。至于粮饷，数目更为庞大，大概从内地购买军粮需银一两上下，而千辛万苦运到前线则费银二十余两。由于这次进兵主要用满洲、蒙古兵，所以又密谕此次剿办准噶尔，所有关系军机事件，俱用“清字”，即满文具奏，以确保军事机密不外泄。不过，明年具体进兵时间还没有定。
两个月后，准噶尔辉特部大台吉阿睦尔撒纳等率众两万余人归附，乾隆兴奋不已，决定加速进兵准噶尔。
阿睦尔撒纳这个人将在以后两年多的残酷拉锯战中扮演十分重要的角色，而平准之役也必得阿睦尔撒纳已死的确信，乾隆才能宣布最后胜利，所以在他出场前先介绍几句。阿睦尔撒纳，和硕特部拉藏汗的孙子，父亲叫丹衷，准噶尔汗策妄阿喇布坦是他的外祖父。丹衷的妻子，即策妄阿喇布坦之女，先生子叫班珠尔。及丹衷被杀，她改嫁辉特部台吉韦征和硕齐，生下了遗腹子阿睦尔撒纳。初，准噶尔分四卫拉特，为准噶尔、杜尔伯特、和硕特、土尔扈特，辉特部附庸于杜尔伯特。等到土尔扈特远徙俄罗斯伏尔加河流域，辉特则别为一部，仍称四卫拉特。阿睦尔撒纳既袭为辉特台吉，其同母兄班珠尔为和硕特台吉，又娶杜尔伯特台吉达什之女，所以在达瓦齐汗袭杀达什后，阿睦尔撒纳胁持达什之子讷默库，遂令行辉特、和硕特和杜尔伯特三部。乾隆认为“阿睦尔撒纳乃最要之人”，对他率三部人众来降大喜过望，原因就在这里。
阿睦尔撒纳在达瓦齐夺位称汗后，以自己雄厚的实力向达瓦齐提出南北分辖准噶尔，为达瓦齐所拒。本年四月，达瓦齐出兵分两路夹击阿睦尔撒纳，阿睦尔撒纳三战皆败，暂驻博罗塔拉地方。六月，达瓦齐亲率兵三万至阿睦尔撒纳游牧之地，阿睦尔撒纳不敌，遂与杜尔伯特台吉讷默库、和硕特台吉班珠尔率众向内地迁移。七月初六日抵达北路喀尔喀，遣人通报到境，请求内附。乾隆命军机大臣寄信定边左副将军策楞即将阿睦尔撒纳安插于阿尔泰山以东，并为其提供保护。但同时又密谕副将军策楞，说朕闻阿睦尔撒纳之为人，诡诈反覆，全不可信，故防范不可不周。
阿睦尔撒纳来归更加坚定了乾隆用兵准噶尔的决心，他认为应该向满洲王大臣公开即将对准噶尔开战这件天大的事了。十月十三特召见满洲王大臣说：朕于准噶尔，开始并无利其土地人民用兵之意，今岁辉特台吉阿睦尔撒纳等又领数万众投诚，朕以天下大君，焉有求生而来者不为收养之理?再者，达瓦齐作乱之人，今即收纳其数万众，虽目前不见得敢兴兵来犯，而日久力足，必又蠢动，侵我边圉。与其费力于将来，不若乘机一举平定准部，将三车凌、阿睦尔撒纳安置原游牧处，使边境永远宁谧之为得也。准噶尔之事，历有年所，因机无可乘，故大勋未集。今事机已值，无烦大举，以国家之余饷，两路并进，不过以新降厄鲁特之力，少益以内地之兵，即可成积年未成之功。乾隆知道，满洲王大臣自雍正末和通泊惨败后，都患有严重的“恐准症”，所以，必须先打消他们的疑虑，以期得到他们的理解和支持。乾隆特别对他们说，这次用兵只不过“以新降厄鲁特之力，少益以内地之兵，即可成积年未成之功”，目的也在于解除他们的担忧。据乾隆日后讲，当年决策用兵平准，他是很孤立的，支持他的只有大学士、首席军机大臣傅恒一人而已。乾隆在最困难的时候能得到傅恒有力的支持，对此，他念念不忘。
阿睦尔撒纳安顿好之后，乾隆召他来避暑山庄觐见。时间已过了十一月，阿睦尔撒纳一行还在路上，大约十二三日才能抵达，而皇太后的寿辰是十一月二十五，乾隆还必须在接见阿睦尔撒纳后从避暑山庄及时返回京城庆祝。乾隆想早一点赶到热河，所以，离京后并站兼行，三日即驰抵避暑山庄。十一月十二日阿睦尔撒纳、讷默库等率众至广仁岭恭迎乾隆皇帝车驾。十三日，乾隆在避暑山庄万树园大蒙古包赐亲王阿睦尔撒纳等宴，与宴者有宗室王公、蒙古王公、文武大臣等。嗣后连日赐阿睦尔撒纳等宴。又降旨加封阿睦尔撒纳亲王，为“辉特额尔德尼诺颜部落”盟长。据《啸亭杂录》作者礼亲王昭梿记载，乾隆与阿睦尔撒纳行的是亲密的抱见礼，“皇上从容抚慰，并赐上驷与之乘，亲与其分较马射，并以蒙古语询其变乱始末，赐宴而退。阿悚然，时冬月严寒，阿逆汗下如雨，退告其下曰：‘真天人也，敢不慑服’”!
总之，热河召见，乾隆给了阿睦尔撒纳相当高的礼遇，意在笼络怀柔新降之准噶尔大小头目。但乾隆在避暑山庄驻留期间，主要还是与阿睦尔撒纳密谈如何用兵征伐达瓦齐的军事方面的问题。阿睦尔撒纳当面陈述进兵准噶尔的方略。乾隆起初已降旨赏给阿睦尔撒纳等八旗上三旗旗色大小旗帜，以为进兵时的标志，但阿睦尔撒纳最后说服了皇上，明年进兵时仍用阿睦尔撒纳“旧纛”，理由是“使彼处人众易于识认，投降甚便”。是用满洲旗纛，还是用阿睦尔撒纳“旧纛”，这里面乾隆与阿各自都用心很深，乾隆经过深思熟虑，还是答应了阿睦尔撒纳的要求。这就种下了第一次平准之役大获全胜不久，突然出现准噶尔全境叛乱的大起大落的戏剧性局面的因由。
乾隆二十年(1755年)二月，西北两路出师，平准之役开始，也是乾隆日后所说的“西师”正式拉开了帷幕。在此之前，乾隆已任命班第为定北将军，阿睦尔撒纳为定边左副将军；永常为定西将军，先已投诚的准噶尔台吉萨喇尔为定边右副将军；阿兰泰为北路参赞大臣，鄂容安为西路参赞大臣。本月十二日，阿睦尔撒纳率北路哨探兵六千名比原定出发日期提前三天从乌里苏台军营起程。八天后，定边将军班第即率察哈尔兵三千名衔尾而进。萨喇尔率西路哨探兵也比原议提前三日从巴里坤军营进发，定西将军永常随后率兵继进。两路军各二万五千、马七万匹，各携两月粮，两路约期会师于伊犁东北的博罗塔拉河。
自大军出师，前锋副将军阿睦尔撒纳、萨喇尔皆以故准噶尔台吉，建其“旧纛”先进，准噶尔各部落望风归附，大军几乎没有遇到什么抵抗，因而进军极为迅速。四月，西北两路大军在博罗塔拉会师，随即大军开进伊犁。五月初，大军渡伊犁河。准噶尔汗达瓦齐拥众万人退据格登山，结营固守，但军械不整，马力疲惫，众心离散，到处弥漫着失败的情绪。清军两路逼近格登山，阿睦尔撒纳派翼领喀喇巴图鲁阿玉锡等带兵二十二名连夜往探达瓦齐踪迹。阿玉锡等突入敌营，敌众如惊弓之鸟，自相践踏，一哄而散。达瓦齐仅率二千余人窜往天山南路回部地区。不久，为乌什伯克霍集斯所擒，呈献清军大营。
出兵未及半载而兵不血刃克定伊犁，举国为此欢欣鼓舞，乾隆也慨然兴叹说“朕筹办之初，亦未敢遽信大功计日可就”，于是大封有功之臣，赏阿睦尔撒纳亲王双俸(双亲王)，班第、萨喇尔以下俱封赏有差。大学士忠勇公傅恒“协心赞画”西陲用兵，再授一等公爵。其实，大军之所以神速取得全胜，说穿了，就是准噶尔部众并不认为清军“灭取”准噶尔来了。他们箪食壶浆叩马迎接的是打着准噶尔旗纛的准噶尔大台吉阿睦尔撤纳和萨喇尔。乾隆“欲借其声威，以收速定准噶尔之效”的目的确实达到了，但危机也恰恰在大军全胜、共同的敌人达瓦齐被擒送京师后迅速凸显出来。
乾隆在进兵前已开始筹划占领准噶尔全境后的善后之策。他打算将准噶尔分为辉特、和硕特、杜尔伯特和绰罗斯四卫拉特，以阿睦尔撤纳为辉特汗，班珠尔为和硕特汗，车凌为杜尔伯特汗，另外的绰罗斯汗一时还找不到合适人选。这无非是传统的“众建以分其势”防止准噶尔再成为西北一大劲敌的思路。而老奸巨猾的阿睦尔撤纳岂能看不透这点?但大敌当前，他还要利用清朝的援助以壮大自己的声威。乾隆与阿睦尔撒纳暂时能在打击达瓦齐上结为联盟，阿睦尔撒纳也愿意暂时为皇帝麾下之将。现在准噶尔全境平定，阿睦尔撒纳自以为清军并未出什么力，平准之大功既为自己独有，那么，总统整个准噶尔则非己莫属。他私下里向将军班第试探：“我等四卫拉特与喀尔喀不同，若无总统之人，恐人心不一，又生变乱。”班第立即密奏，请皇帝特降谕旨，令阿睦尔撒纳速行入觐，早定四部封汗之事。乾隆对阿睦尔撒纳反复狡诈、志不在小早有觉察，接到班第密报，他不是不想调虎离山，加以处置，但事情做急了反而可能激出变乱，就密谕班第：阿睦尔撒纳不无希冀侥幸之心，若急遽遣回，恐其生疑，不若仍遵前旨，暂留彼处驻扎办事，酌定规模后，再令其兼程入觐。班第以解决阿睦尔撒纳事不宜迟，就催促皇帝及早采取断然行动。乾隆则以为尚无阿睦尔撒纳“图占准噶尔确据”，于是温旨令阿睦尔撒纳即行入觐，命班第等宜婉言晓谕，使其起程前来，毋致惊疑。直到六月二十八日乾隆感觉事态严重，才以阿睦尔撒纳“图据准噶尔已无疑义”，与其俟其变乱，莫若先发制人，密令定北将军班第：阿睦尔撤纳尚未起程入觐，即行擒拿，在军营正法；如已动身，则另行办理。
很快乾隆得到班第密奏，说阿睦尔撒纳已于七月初七日起程入觐，但起行之日，即行住宿，显然故意拖延。乾隆断定，阿睦尔撒纳势必在塔尔巴哈台一带游牧处逗留，班第等加意探访，一得信息，即遵旨令萨喇尔、鄂容安带兵擒治。
自七月初十日阿睦尔撒纳奉旨自军营尼楚滚启程入觐后，就与他的亲信党羽日夜密议潜逃。他之所以没有立即采取行动而千方百计在路上拖延，是因为他对皇帝仍抱有希望，总觉得皇帝可能答应让他总统准噶尔。到八月中旬，旨仍未下，阿疑事已中变。据俄国史料记载，阿睦尔撒纳这时又“截获了由北京下达给将军们的命令”，阿睦尔撒纳自己也说八月十九“行至乌隆古地方，闻有拿我之信”，于是将其定边左副将军印信交与同行之喀尔喀王额琳沁多尔济。翌日，阿睦尔撒纳并不经由正路，绕道从额尔齐斯地方抢掠。额琳沁多尔济即率兵往追，然阿睦尔撒纳早已由额尔齐斯河间道飘然北逸。
乾隆于木兰行围中获悉阿睦尔撒纳逃遁的信息，立即命将军班第相机办理。不久接到乌里雅苏台办事大臣莫尔浑等奏报，拿获阿睦尔撤纳遣至其扎布堪游牧处通信的们都等人。原将军永常又奏，阿巴噶斯、哈丹抢掠西路玛纳斯河三处台站、扎那噶尔布游牧；阿睦尔撒纳领兵直犯伊犁，并欲骚扰巴里坤；班珠尔、普尔普抢掠台站。乾隆对阿睦尔撒纳的叛逃至此已深信不疑，于是命命永常仍为定西将军，调兵剿除。
阿睦尔撒纳潜逃后，遣人四出煽乱，伊犁众喇嘛、宰桑蜂起响应。八月二十九日，定北将军班第、参赞大臣鄂容安率军从伊犁撤出后退至乌兰库图勒，为叛乱的额鲁特围住剿杀，班第力竭自尽；鄂容安本书生，腕弱，刀不能下，令其仆刺腹而死。萨喇尔走至崆吉斯河，为厄鲁特宰桑锡克锡尔格所执。
第一阶段平准之役的主要敌人开始转化为昔日的盟友阿睦尔撒纳。
阿睦尔撒纳倡乱后，准噶尔地区局势混沌不明，但乾隆帝未改封四卫拉特汗之初衷。当年九月在避暑山庄封四卫拉特汗：噶勒藏多尔济为绰罗斯汗，车凌为杜尔伯特汗，沙克都尔曼济为和硕特汗，巴雅尔为辉特汗。并开始整饬前线军心不稳的状态。将怯懦退缩、增援班第不力的永常革职，解京治罪，授策楞为定西将军，扎拉丰阿为定边右副将军，筹办再次进兵伊犁，同时部署北路遥为声援。
乾隆二十年年底，乾隆接受噶勒藏多尔济、沙克都尔曼济、巴雅尔等卫拉特汗建议，决策明年正月进兵，并向全国臣民宣谕用兵准噶尔始末。在谕旨中乾隆针对平准以来臣下当面虽不敢表示反对而多退有后言说：上年定议用兵，举朝率多疑议，及伊犁平定，则以为事出意外。闻阿睦尔撒纳负恩逃叛，又以为究不可办，且以为此固当然。今闻伊犁宰桑悔罪擒贼，或又以为恐未必然。人心风俗，一何怯懦至此!此朕所以愧且惧也。可见当阿睦尔撒纳叛逃、军前主将或陷敌殉难，或获罪罢黜时，潜伏已久的反对平准的声音又有所抬头，这使乾隆十分恼怒。
更令皇帝暴跳如雷的是，军前将领误报拿获阿睦尔撒纳，以至进退失据，几乎难以下台。
乾隆二十一年(1756年)二月，皇帝自圆明园启銮，往谒孔林。途中接到擒获阿睦尔撒纳的红旗捷报，乾隆未加深思，命改程往谒地在直隶易县的雍正帝陵泰陵告捷，并以平准军务告竣，颁谕宣示中外。不料车驾刚刚进入山东境，才得知策楞所报阿睦尔撒纳被擒一事竟属错误。原来这次失误是中了阿睦尔撒纳的缓兵之计。阿睦尔撒纳在雅木图岭被清军将要追及时，特派人伪装为清军哨探向前锋台吉诺尔布报称“正月二十一日擒获阿逆”。诺尔布转报侍卫福昭，福昭转报参赞大臣玉保，玉保遂以红旗驰报策楞。策楞不审虚实，亦遽尔飞章入奏，露布贺捷，上书“为恭报捉获逆贼阿睦尔撒纳捷音事”。清军方面还沉浸在祝捷的欢庆之中，阿睦尔撒纳已远远摆脱追兵，由库陇癸岭遁人哈萨克境内。盛怒之下，乾隆命拿解策楞、玉保等治罪，以西路专任达勒当阿、北路专任哈达哈，令二人领兵擒拿阿睦尔撒纳。
这年年中，发生了喀尔喀和托辉郡王青滚杂卜的撤驿之变。北路自十六驿至二十九驿一时尽撤，进入准噶尔追剿阿睦尔撒纳的清军后方补给线被切断，军报不通，喀尔喀也出现了“溃乱”之势。八月，乾隆知难而退，以“天时渐寒”、“马力疲乏”为由，降旨西北两路暂停深入哈萨克。闰九月又明发谕旨，宣布俟一二年后再相机酌办阿睦尔撒纳。原已降旨定于本年进行的二度南巡，以江苏等省水灾降谕停止。
但准噶尔形势还在继续恶化，已降服清朝被封为卫拉特汗的准噶尔大台吉等见撤驿之变遽起，喀尔喀骚动，入准清军处境岌岌可危，遂于这年初冬群起暴乱。准噶尔全境复陷于纷乱之中，第一次平准之役至此进入最困难的阶段。厄鲁特反复无常，忽降忽叛，令乾隆帝大为震怒，他开始考虑改变设四卫拉特汗分治准噶尔的既定政策。为此密谕军前将领：“厄鲁特等似此辜恩背叛，必应尽行剿灭。”明发谕旨，向全国臣民通行晓谕厄鲁特全境叛乱，以及必须彻底灭取准噶尔的决心：
厄鲁特贪残好乱，反复狡诈，固属准夷常性，然亦由阿睦尔撒纳未经擒获之故。所谓叛贼一日不获，则伊犁一日不安，边陲之事一日不靖者，正为此耳。外间无识之人，又不免妄生议论，必谓此事原不当办，即经办矣，仍复生变，何如不办之为愈。殊不知准噶尔之为西北边患，自有明至今，垂四百余年。我皇祖、皇考，当噶尔丹、噶尔丹策零等藩篱完固、兵力强盛之时，尚且屡申挞伐，今适值该部落人心涣散，既已机有可乘，而乃坐失之，岂不贻笑于天下后世，亦何以上对皇祖、皇考在天之灵耶?此所以熟筹审计，实有万不得已之苦心，非一时之好大喜功，开边衅而勤远略也。朕办理始意，亦惟欲按其四部分封四汗，众建而分其势，俾之各自为守，以奉中国号令，聊示羁縻而已。乃伊等蠢愚无知，不能承受太平之福，以致自干剿戮，实非朕之本怀，岂此中实有天意，故非人力所能与耶?况准噶尔地近边陲，虽定以边界，准通贸易，而犬羊之性，久之亦难保其不生衅端。今即重烦兵力，得以永靖边圉，揆之事机，尚应断然为之，岂有已成之功，转为弃置之理?至于用兵之费，雍正年间西北两路，费至五六千万；今自军兴以来，统计军费才及一千七百余万，将来即有多费，亦何惜焉。
随着对准噶尔政策的急剧变化，清军开始不分青红皂白地剿杀厄鲁特，而尚无叛迹之和硕特汗沙克都尔曼济及其属众首先成为清军刀下之鬼。
沙克都尔曼济所属有一千余户、约七八千人，先已奉旨暂住西路军营巴里坤地方，准备明春再迁回故地。巴雅尔等发动叛乱后，乾隆屡降旨谕示军前大臣，若厄鲁特稍有可疑，即行剿灭，并密示雅尔哈善：倘沙克都尔曼济稍有可疑，亦当乘其不备，先行剿灭。十二月十六日夜，彤云密布，大雪纷扬，参赞大臣雅尔哈善以沙克都尔曼济与已叛乱的扎那噶尔布通，显有叛逆形迹，乘夜派兵至其游牧，沙克都尔曼济热情接待。夜深，趁厄鲁特熟睡无备，雅尔哈善发兵掩杀，据称“斩贼众四千余，以杜后患”。乾隆以雅尔哈善“办理甚属奋往”命交部照军功议叙，给雅尔哈善内大臣衔。
和硕特汗沙克都尔曼济是否真如雅尔哈善所称“显有叛逆形迹”不无可疑。据礼亲王昭梿所记：
雅尔哈善故书生，不敢保(沙克都尔曼济不叛)，时饷正乏，而沙克都尔曼济请粮不休，雅患本军缺粮而又赍敌，遂令裨将阎师相率五百人入其垒，若失路借宿者，沙屠羊以待。中夜大雪，阎曰：“此擒吴元济时也!”遂以笳为令，袭其卧庐，尽歼全部四千余人。沙被杀时，残灯未灭，其妻睡梦中惊起，不忍其夫之戕于乱刃，裸而抱持之，如两白蛇宛蜒穹庐中，以至于死。雅以沙谋叛被杀报，上封雅为一等伯。雅归朝日，拜其祖祠，叹曰：“李广以杀降不封侯，至于失道自刎。今我罪逾于广，而反膺五等之爵，祖宗蔑血食矣!”其后果以失机被诛。上于庚戌中咏西域诸故事，犹及雅之滥杀云。
乾隆二十二年(1757年)三月，以亲王成衮扎布为定边将军、车不登扎布为定边左副将军，兆惠为定边右副将军等率兵，从西北两路起程，清朝第二次出兵进剿准噶尔。乾隆指示：“此次专为剿灭叛乱之众厄鲁特。”并一再密谕驻巴里坤大臣：大兵进剿后，凡厄鲁特前赴巴里坤投诚者，“即将伊等头目先行送赴京师，所属人众亦随即移至内地，俟过巴里坤后，其应行剿戮者即行剿戮，所余妻子酌量分赏官兵”。嗣后，凡投至巴里坤之厄鲁特及由军营解到之厄鲁特，俱解送至嘉峪关内“再行分别办理”。所谓“分别办理”，即将丁男正法、妻孥为奴。
清军此次大举深入并没有遇到厄鲁特强有力的抵抗，原因是叛清的厄鲁特内部又开始互相仇杀起来。最先是图什墨勒尼玛怂恿扎那噶尔布袭杀其叔绰罗斯汗噶勒藏多济及其亲属人等，尔后尼玛又要杀害扎那噶尔布，往迎阿睦尔撒纳管辖准噶尔地方。很快鄂勒哲依之子敦多克也戕杀其父，同土尔扈特舍楞迁往库克乌苏、喀喇塔拉。厄鲁特向不出痘，其时则痘疫横行，死亡相望。定边右副将军兆惠乘厄鲁特内乱和瘟疫流行，率兵奋力进剿，再克伊犁。
前此阿睦尔撒纳因与哈萨克不睦，又闻清军撤回，遂乘厄鲁特纷纷叛乱之机，先已返回准噶尔布崆地方，并在博罗塔拉地方会集众厄鲁特，各宰桑共愿推举阿睦尔撤纳为大台吉。阿睦尔撒纳随即遣人往哈萨克求助。参赞大臣富德闻讯带兵追袭，阿睦尔撒纳望风而遁。兆惠、富德拿获阿睦尔撒纳之侄达什车凌，追问现在阿之踪迹，据称或仍往哈萨克，或逃入俄罗斯。此时厄鲁特因内讧和瘟疫已不能构成清军的大敌，乾隆遂将此次用兵由剿灭叛乱之众厄鲁特转为先擒首逆阿睦尔撒纳，命成衮扎布、兆惠两路大兵克期会合，并力擒获阿睦尔撒纳。
阿睦尔撒纳在清军参赞大臣富德率前队官兵追剿下，只带二十余人仓皇往投哈萨克，富德深入哈萨克逐捕。五月三十日清军前队追剿至爱登苏，哈萨克兵迎战，侍卫奇彻布中鸟枪阵亡。经鏖战数次后，哈萨克兵举玛尼纛四杆，遣人告称我等因仓猝不知大国之兵，是以拒战，随即撤兵。哈萨克汗阿布赉及其弟阿布勒比斯遣使至军营，问安请罪，并献马二匹，告称“倘阿贼入我境，必行擒送”。
阿睦尔撒纳并不了解形势的突变，仍率残众往投哈萨克汗阿布赉。阿布赉欺骗他说明早相见，而暗中散其马匹牲只，阿睦尔撒纳警觉，同妻子及亲信数人仓皇逃去。走投无路之下，阿睦尔撒纳渡额尔齐斯河逃往俄国塞米巴拉特要塞，请求准许加入俄国籍。
从五月上旬起，清廷理藩院就援引《中俄尼布楚条约》、《中俄恰克图条约》不得收容对方逃入的条款，再三致函俄枢密院，如阿睦尔撒纳逃入俄国，俄方应立即遣还中国。同函还附有俄边境地方长官写给阿睦尔撒纳邀其归顺俄国的四封书信原件。第一封信系俄历1756年8月1日俄国奥伦堡省省长伊凡·涅米耶夫等写给阿睦尔撒纳的，大意是：“今尔意欲使我等为尔转告我女皇请恩资助，则望尔现在到达后，即相机而行。若尔果逃往哈萨克避难，则不论何日，确有机会，欲来我奥伦堡省亦可。”第四封信系俄历1757年1月7日俄管理边界司令官嘎布里科上校写给阿睦尔撒纳的，要求阿睦尔撒纳必须先订立投降书，“否则，仅口称愿降，实难资助尔等”。前线清军副都统顺德讷也奉命往见俄西伯利亚总督，请俄方遵约擒献阿睦尔撒纳。俄方以阿睦尔撒纳坠河殒命支吾推诿。乾隆谕示副将军兆惠：搜查逆贼阿睦尔撒纳身死实据尚非紧要，察访阿睦尔撒纳投入俄罗斯与否，并在各僻处搜查，乃为紧要。很快获悉阿睦尔撒纳已逃往俄罗斯的确信，乾隆即命理藩院行文俄国枢密院索取。
因阿睦尔撒纳往投俄罗斯寻求庇护，为索取阿睦尔撒纳与俄关系渐趋紧张，乾隆就此咨询诸王大臣，而“盈廷之议，颇有以伊犁既已平定，不必穷追为言者”，盖惟恐饬索过严，以致又启边衅。这令乾隆非常失望，降旨说：“集思广益，固期于事有济；若徒筑舍道旁，不若姑置之，待朕之自为应机决策耳。”
八月二十日，阿睦尔撒纳患天花在俄国病死。俄方派人到中俄边境，告称阿睦尔撒纳已拿送固伯喇纳托尔监禁，不久出痘病故，请清廷差人前往塞楞格城或恰克图边界验看。乾隆命喀尔喀亲王桑寨多尔济遣人速往恰克图验看，并将阿睦尔撒纳尸体解送京师。经亲王齐巴克雅喇木丕勒前往验尸，见阿睦尔撒纳尸肌肉尚完，面貌宛然，确实无误，但俄方拒不交尸。乾隆遂以既详验无疑，尸体解送与否可不必深论。
乾隆二十三年(1758年)正月，以阿睦尔撒纳身死异域，乾隆命通行晓谕全国臣民平定准噶尔大功告成。
厄鲁特部落当强盛时共计二十余万户，六十余万口。礼亲王昭裢说，经平准之役，“凡病死者十之三，逃入俄罗斯、哈萨克者十之三，为我兵杀者十之五，数千里内遂无一人”。
当平准战争接近尾声时，乾隆就明谕“西师不可中止，回部必须征讨”。乾隆二十四年冬清军越境至巴达克山国，将已死于该处的大小和卓木兄弟首级索回函送京师，依附准噶尔叛乱的回部被平定。
自乾隆十九年准噶尔内讧，乾隆皇帝命将出征起，历时五年、拓地二万余里之准回之役，或称“西师”，至是以全面胜利而告终。
以准噶尔全局大定，诸王大臣请加上尊号，乾隆并未接受。他举出皇祖康熙皇帝在三藩之乱平定后“廷臣请上尊号，尚未允行”的先例说，我皇祖圣德神功，超越万古，戡定殊勋，炳于史册，今以数载间运筹决策之劳，克全我两朝挞伐绥遐之略，返衷自问，只能说没有辜负皇祖皇父的重托而已。
乾隆讲的确是心里话。
乾隆二十四年十月二十三日，平定回部奏捷到京，第二天皇帝发表了《御制开惑论》，全面回顾了“西师”成功始末。在这篇酷类今天剧本的文章中，乾隆塑造了三个人物，一个是身穿宽衣博带的“春秋硕儒”，他的性格特征是“是古卑今，循规蹈矩”，专门与“西师”作对；另一角色是处处维护“西师”为其辩护的“大夫”；还有一个角色名为“信天主人”，实际上是皇帝自己。开始，信天主人欲有所挞伐，春秋硕儒不敢面折其非而背后散布悲观言论，等到兵不血刃，克定伊犁，就对大夫说，天子守在四夷，佳兵不祥，今之所见异乎古也!大夫回答说：“非常者，固非常人所疑也。”很快，阿睦尔撒纳叛乱，春秋硕儒洋洋得意地说，怎么样，怎么样，果然不出吾之所料，应该赶快罢兵!大夫对他说，您再等等看吧。随后战局恶化，厄鲁特相率为乱，喀尔喀也出现动荡，春秋硕儒哀叹道，兵连祸结，吾真不知何日能息肩也。而信天主人重整我师，两路出兵，阿逆授首域外，“西师”大功告成。大夫对春秋硕儒说，两大部落，不为不强；周二万余里，不为不广；五年成功，不为不速；前歌后舞，不为不祥。您还有何说?春秋硕儒还是不服气，强辩道，死者不可复生，损兵折将无补功成。大夫说您真所谓执迷不误者也，难道汉祖唐宗拨乱草创之初，无一人死于战乱?春秋硕儒理屈词穷，自认隙中观斗，井里窥天，但心中犹有疑惑说，能不能迟几年再动兵呢?大夫对日，操刀必割，所戒迟疑，机不可失，时不我待。您诚所谓菽麦不辨者也，安知我信天主人哉?春秋硕儒的“惑”已经让大夫全都“开”了，到这时候，信天主人，也就是乾隆皇帝自己扮演的角色才发表议论，他说，我没有时间计较你们二人争论之短长，我只是想“顺天者昌，逆天者亡”，怎能恃功而夸张?况且，五载以来，屡危而屡平，愈变而愈康，结局如此，不是大幸事吗?我除了深深感念昊苍保佑，兢兢业业，凛凛皇皇，不负皇祖、皇父两代重托之外，还有什么可说的呢?
处于盛世巅峰的乾隆皇帝仍保持着清醒的意识，他念念不忘“持盈保泰”的道理，由衷地想把国家鼎盛的局面永远保持下去。
现在再来看乾隆为什么把“西师”列为自己一生所作的头等大事?为什么清代最负盛名的三代领导人竟如此执著地坚韧不拔地非彻底战胜和消灭准噶尔不可?
准噶尔在全国战略全局中具有特殊的重要地位。武力强劲的准噶尔部雄踞西北，有雄心也有实力与清朝一争中国的主人。其兵锋所向，一是南向西藏，挟持达赖和班禅两个大喇嘛以号令众蒙古，一是东向喀尔喀蒙古和漠南蒙古以完成蒙古统一大业。对清朝来说，准噶尔不是什么肘腋之患，而是腹心之患。不彻底消灭准噶尔，西藏就永无宁日。尊奉喇嘛教的大漠南北的蒙古各部也就永无宁日，被康熙皇帝倚为长城的蒙古不能安定，清朝也就失去了统治占人口90％以上、具有悠久文化历史传统的汉族的最可靠的盟友，处于被南北夹击的危险态势。真可谓生死存亡，系于西北准噶尔一隅，这是何等严重的事体呵!乾隆在战略思想和治国方略上与康熙和雍正是一脉相通的。他继承父祖遗志，最终完成了平准伟业，他自我矜夸的“十全武功”竟有7次——两次金川之役、两次平准之役、回部之役和两次廓尔喀之役——都与西藏和蒙古有关。在取得对廓尔喀入侵西藏的自卫反击战胜利后，乾隆专门写了《喇嘛说》一文，进一步从理论上阐明了“兴黄教”的重大意义。他说，为什么要尊奉保护达赖喇嘛和班禅额尔德尼?“盖中外黄教，总司以此二人，各部蒙古一心归之，兴黄教，即所以安众蒙古，所系非小”。乾隆晚年把“西师”列为一生所做头等大事，他是经过深思熟虑、反复权衡才下笔的。可以说，这是他们祖孙三代百年思考和实践的精辟总结，也是对后世子孙规划治国方略应遵循的原则的谆谆训诲。
康熙在位期间六次南巡，乾隆法祖，同样南巡六次。乾隆在《南巡记》中把“南巡”与“西师”并列为一生所做两件大事，可见南巡的重大意义。“南巡”，不是一般意义上的到南方巡视，“南”者，特指江浙两省。南巡为什么限于江浙，南巡江浙对维护全国安定究竟有什么战略意义呢?
要确立对汉族的统治，千头万绪，从何抓起呢?康熙和乾隆认定，关键之处在于能否使江浙地区的汉人，特别是那里的汉族知识分子稳定帖服下来。为什么?因为江浙才是华夏文化正统所系。中国古代政治、经济、文化重心最早在黄河流域，但经过晋末永嘉之乱、唐朝中期安史之乱以及金朝武力征服北半个中国等战乱，经济中心渐渐南移到江浙等江南地区。随着衣冠士人举族纷纷南渡，自然也把华夏传统文化带到了那里。文人们在优裕的物质生活滋养下，在南国青山绿水、春风秋月的催化下，更把华夏文化推向了新的高峰。明清进士、高官多南产，就提供了一个具有说服力的例证。连乾隆也承认江浙是“人文渊薮”之所在。《四库全书》总共修成七部，按乾隆的指示，有三部放在江浙，供那里文人就近浏览。
但康雍乾三位皇帝对江浙知识分子的猜忌防范之用心又最深。这一方面是，清初征服江南时制造了诸多如“扬州十日”、“嘉定三屠”之类的惨绝人寰的屠城事件，理所当然地激起了汉族人民世代难平的民族敌忾情绪；另一方面，则在汉人“华夷之别”畛域太深，这种错误观念在华夏文化正统的江浙地区尤其强烈，尤其牢不可破。清朝入主中原，满族人当了皇帝，今天看来没什么了不起，都是中国人嘛，但那时则认为“中原陆沉”了，“日月无光”了，“夷狄盗窃天位”了，绝对不能容忍!所以乾隆在说江浙是“人文渊薮”时，又常骂那里“风俗易嚣”，人民难治。如果仅仅江浙一隅也好办，在“士为四民(即士农工商)之首”的古代，华夏文化正统所在的江浙士人领袖对清廷的态度可是关乎整个汉族人心向背、清朝治乱安危的头等大事呵。所以，康熙、乾隆的六下江南虽不能说完全没有游山玩水、松弛身心的成分在内，虽不能说他们完全没有关切民生的善良愿望，但主要还是基于清醒的政治战略方面的考虑，千方百计想怎样才能把那里的汉族老百姓、士人，尤其是那些精英人物安抚好。为此，他们祖孙俩特地在明太祖孝陵前三跪九叩，频频接见声望夙著的江南耆老宿儒，风尘仆仆地跑到各处阅视河工海塘，更不去说那些豁免江南(包括江苏和安徽两省)、浙江民间田赋积欠以及赐举人、增学额等等显而易见的羁縻笼络的举措了。
“西师”的锋芒具体指向在准噶尔，而宏观的战略意图则在于广袤的蒙藏边疆地区的稳定；“南巡”的意趣似乎专注于江浙，其实它蕴涵着驾驭整个汉族人民的深远用心。中国自古就是一个由汉族聚居的中原地区与少数民族散居的边疆地区共同组成的多民族国家，二者之间存在着自然形成的扯不断的经济文化纽带，但这并不等于自然地会出现一个统一的多民族的国家，这里还须要一条政治纽带。以往历朝历代的统治者大多没有把这条纽带做好，有的甚至根本不想做。康雍乾时代的英主们则放出了宏远博大的战略眼光，做成了一端是“西师”，一端是“南巡”的精致而坚韧的政治纽带，百年间咬住这两件头等大事不放，北边凭倚蒙古这个忠实可靠的盟友，挟政治军事之优势，以北制南，镇抚人口占全国90％以上、文化优越的汉人；南边则依托汉族中原地区源源不尽的富厚人力、物力和财力，跃马塞外，彻底制服关系国家战略全局的准噶尔，迅速平息在西藏发生的动乱。无庸讳言，康雍乾三位皇帝追求的是夯实爱新觉罗皇族千秋万代的帝国基础，但在客观上，也就顺应了数千年来中国历史发展的趋势，锻铸了超迈千古的大一统丰功伟业。
乾隆时代最终奠定了今天中国的版图。中国古代多民族的统一国家经历了漫长的历史进程，到乾隆时代才最后完成并真正巩固起来。汉、唐以开疆拓土的赫赫伟业著称，辽、西夏、金、元踵而继之，最后由清总收其功。这一伟大的历史功绩无论给予多高的评价也不过分。平定准噶尔蒙古是关系完成统一大业的中心一环，清军打得最艰苦，战争的结局也最惨烈。天山南北划入版图，一举拓地二万里，乾隆欣喜之余多次申说要“持盈保泰”，可见他已清醒地意识到盛世正处于巅峰。