离开东印度群岛时，艾克曼委托年轻的同事格里特·格里金斯继续开展脚气病研究。1901年，格里金斯经过细致观察和全面研究后修改了艾克曼的结论，稻米外壳中并非含有解毒成分，而是拥有一类机体生长发育必不可少的成分，该成分缺乏会造成脚气病发生，因此脚气病应该是一种营养物质缺陷疾病，而非感染性疾病。

1911年，波兰化学家卡西米尔·芬克最终从稻米外壳中分离出这种抗脚气病因子，根据其结构称之为“胺”。1912年，芬克进一步提出自然界应该存在一类像抗脚气病因子这样对生命活动必不可少的物质，将它们统称为“重要的胺类”，音译就是“维他命”，正式翻译通常是“维生素”，而艾克曼发现的抗脚气病因子最终名称为——维生素B1。

不久，艾克曼的发现被学术界广泛认可，开始应用于脚气病的预防和治疗。饮食结构的改善和营养成分的补充使得亚洲多个国家的脚气病发生率显著下降。

随着艾克曼这个发现的重要性日趋凸显，各项荣誉也接踵而来。1907年，艾克曼当选荷兰皇家科学和艺术学院院士，此外还当选美国科学院外籍院士。1929年，艾克曼由于“抗神经炎维生素”的发现而分享诺贝尔生理学或医学奖。遗憾的是这一奖项有点姗姗来迟，由于疾病，艾克曼已无法亲自到斯德哥尔摩领奖，只能委托他人代领，并宣读获奖词。1930年11月5日，长期患病的艾克曼在位于荷兰乌得勒支的家中去世，享年72岁。

艾克曼发现维生素B1，为脚气病的预防和治疗带来直接效果，同时也为相关疾病的研究引入新思路，如坏血病、糙皮病、佝偻病等；他的发现还极大地推动了对维生素的研究，从而为医学打开一个新的领域——在1911年到1940年的三十年间，以维生素研究为主的营养学成为医学热点和前沿之一，大量维生素包括A、C、D、E和B族维生素等维生素结构和功能的阐明无疑是最重大的进展（多位科学家因此获得诺贝尔奖），在改善膳食结构和治疗营养缺陷疾病方面具有重要推动作用。

为了纪念艾克曼的奉献精神，印度尼西亚政府将一家病理学和细菌学研究中心命名为艾克曼分子生物学研究所。艾克曼是一个兢兢业业的科研人员，也是一位伟大的科学家，通过孜孜不倦的实验最终确定了脚气病的发生原因，使这种致命性疾病的发病率急剧下降，挽救了众多人的生命。更重要的是，他的发现还极大地推动了维生素研究，揭示了维生素对人体健康至关重要的作用，奠定了现代营养学的基础之一。