养病期间，艾克曼意识到新兴微生物学的重要性，考虑到身体不会在短期内完全康复，他觉得这段时间是加强专业学习的好机会。

1885年，艾克曼前往德国柏林著名微生物学家罗伯特·科赫的实验室参观，学习了基本的细菌学技术，并了解了当时的研究进展，如包括科赫在内的多位科学家已经发现了多种疾病的病因，鉴定出多种致病菌如结核杆菌和霍乱弧菌等，他还专门学习了确定疾病原因的科赫法则，这成为他下一步研究的指导思想。

更为重要的是，艾克曼还在这里结识了同样参观科赫实验室的两位荷兰科学家：病理学家科内利斯·佩克哈林博士和神经病学家提比略·温克勒博士，二人受荷兰政府委托，准备领导一个研究小组，赴东印度群岛调查一种严重疾病——脚气病的病因，进而找到预防或治疗之法。

艾克曼对脚气病早有耳闻，他在爪哇岛工作期间就观察到许多脚气病受害者。疾病开始时患者会出现虚弱、疲劳、易怒、烦躁、食欲不振和腹部不适的表现。随着病情发展，患者出现奇特的神经病变、肌肉疼痛和萎缩，以及认知功能障碍等症状，部分患者甚至发生心力衰竭。艾克曼对遭受疾病折磨的士兵深感同情，无奈由于水平所限无法为他们提供太多帮助，唯一能做的是详细记录疾病的各种资料。两位科学家向艾克曼发出共同研究的邀请，感觉健康已无大碍的艾克曼欣然接受，决定再次踏上东印度群岛的土地。

当时，脚气病已在亚洲多个国家迅速蔓延，而荷兰政府担心这可能会损害驻扎在东印度群岛士兵的健康，因此找到治疗方案已是迫在眉睫。由于当时微生物研究达到了一个新高度，因此主流观点认为脚气病也应该是由细菌引起的，佩克哈林和温克勒也不例外，这也是他们造访科赫实验室的一个重要原因。即使对脚气病并不太熟悉的科赫也认为细菌感染的可能性比较大，因此也建议他们能按照寻找致病菌的思路来对待脚气病。令他们意想不到的是，这个观点竟误导了他们十余年。