牛顿在19岁那年进入剑桥大学三一学院学习。大学期间，牛顿开始钻研数学与物理，到23岁毕业的时候，已经积累了深厚的数理功底。然而刚毕业的牛顿，见到了一个如人间炼狱般的伦敦。

最初，码头地区有人患病，病人开始发烧，然后淋巴结开始肿大，皮下出现黑色的斑块，最终因多器官衰竭而死。人们意识到，那个萦绕在欧洲人头上数百年挥之不去的梦魇——黑死病，又回来了。

黑死病，就是鼠疫，是由鼠疫杆菌引起的烈性传染病。这种病菌寄生在啮齿类动物[12]体内，在跳蚤吸食其血液携带病菌后，又叮咬人类，使人类患病。

14世纪时，欧洲爆发过一次极为严重的鼠疫。当时感染人们的是鼠疫中一种名为腺鼠疫的类型，腺鼠疫感染者皮肤会出现黑斑，发病很急，从发病到死亡可能也就一两天，因此被人们称作“黑死病”。

14世纪的黑死病大流行夺走了近三分之一欧洲人的生命。当时的欧洲城市并未建立有效的卫生设施，生活污水与垃圾随意倾倒在路旁，这些臭气熏天的垃圾堆成了老鼠的乐园，除了富人的庄园稍显洁净，普通市民整日与这些垃圾里的老鼠、跳蚤为伍。糟糕的卫生条件让城市成了黑死病的重灾区，城郊的农村也被波及。在夺走无数生命以后，鼠疫并没有被人们消灭，而是突然消失了，就如当初它来时那样突然。

有一种解释是由于鼠疫杀死了过多的人，城市人口密度大大降低，人们也不再频繁接触，客观上切断了传播途径，使传染病消失。由于鼠疫传播快，病症严重，死亡率高，这个黑色死神的身影永远刻在了欧洲人的记忆里。所以，1665年，当死神的身影再一次出现时，牛顿马上想到了最直接的解决方案：快往乡下跑！

鼠疫在欧洲大流行的年代，躲到乡下可能是最佳的选择。城市人口过多，卫生条件差，没有垃圾和污水处理设备；而乡村人口密度低，空旷的环境也让生活垃圾和污水有地方倾倒，不至于污染食物和饮用水，所以乡村的疫情比城市轻，城里人跑到乡村能大概率躲过鼠疫。

尽管离开了剑桥大学优质的科研环境，乡村的生活却意外地带给了牛顿一段平静的时光。两年的乡村生活给了他安静的思考环境，这也是他人生中思想最活跃的时候。在这两年中，他继续研究数学与物理，尤其是微积分、力学、光学等内容。在英格兰的乡村，这位安静的青年头脑中孕育出了人类近代历史上最伟大的思想，他的理论将照亮后人的天空。

两年后，另一场灾难意外地结束了这场恐怖的瘟疫，伦敦的一家面包店失火，当时的伦敦城里大部分都是木质建筑，并且建筑毫无规划，非常拥挤。火势逐渐在全城蔓延，大火整整烧了四天，伦敦城里约六分之一的建筑被毁，然而这场大火却为城市做了一次“消毒”，切断了鼠疫的传播，把伦敦从鼠疫中拯救出来。

伦敦安全了，牛顿带着他这两年来丰富的思考成果，回到了大学。此后，他逐步把自己的思考成果进行完善，整理成书，把璀璨的科学成就带到世人面前。