1809年2月12日，达尔文出生于英国什罗普郡的商业文化中心什鲁斯伯里。他的父系家族是典型的医学世家，信奉自然科学；而母系家族则是典型的商业世家，信奉宗教神学。两个信仰截然不同的家族结合在一起，在达尔文身上碰撞出了别样的火花。

达尔文的祖父伊拉兹马斯是英国18世纪著名的科学家，在医学、动物学和植物学领域都有不俗的成就，曾多次拒绝成为英国国王乔治三世的御用医生。作为与拉马克同时代的人物，他不仅接受了生物进化思想，而且认为人人平等，提倡废除黑奴制度。

达尔文的父亲罗伯特不仅是医学博士，同时也是英国皇家学会会员。虽然他也继承了伊拉兹马斯的思想，成了一名自由主义者，但观念却相对保守一些。

达尔文的外祖父是英国传统陶瓷之父韦奇伍德，作为一位传统精英商人，他是一位典型的宗教徒，信奉英国国教——基督新教3个原始宗派之一的圣公会。受到父亲的影响，达尔文母亲苏珊娜是一位严格的圣公会教徒。

两个家族的信仰南辕北辙，唯一的共同点可能只有对奴隶制的废除思想。但在达尔文出生之前，祖父便已去世，由于父亲思想并不激进，整个家庭的氛围充满宗教色彩。

1817年，8岁的达尔文加入传教士开办的走读学校。同年7月，母亲因病去世，为了方便，他就近寄读于英国圣公会什鲁斯伯里中学。

虽然达尔文的生活和学习与宗教高度绑定，但祖父留下来的著作对他的思想产生了巨大的影响，他从小便热爱自然科学和收藏。

1825年夏天，16岁的达尔文从中学毕业后，给父亲当了一个暑假的学徒，帮助他给郡里的穷人看病。

1825年10月，在父亲的期望下，达尔文进入了当时英国最好的医学院——爱丁堡大学医学院。经过一段时间的学习，达尔文发现医学讲座枯燥乏味，手术操作烦琐，感到痛苦。他很快迷上了动物学，学业逐渐荒废。

在逛动物学博物馆时，他认识了一位叫作埃德蒙斯通的黑人工作员。埃德蒙斯通曾是一位黑奴，他凭借优秀的能力，被奴隶主带回了苏格兰，正好遇到奴隶制度的废除，得以获得自由，进入动物博物馆工作。达尔文没有因埃德蒙斯通曾是黑奴而对他有任何偏见，在得知对方掌握精湛的标本制作能力后，反而毅然拿出学费向他请教学习。

达尔文在埃德蒙斯通那里学习了两个月，掌握了标本制作的能力，这对他未来的生物研究具有无比重要的意义。