爱德华兹在决定正式启动试管婴儿计划之前，就已经预见到这项研究不可避免地会带来伦理争论。为此，爱德华兹与美国律师大卫·夏普就试管婴儿可能引发的伦理问题在《自然》杂志上共同发表了“社会价值和人类胚胎学研究”的评论，全面分析潜在的风险和解决之策，最终明确得出结论，试管婴儿安全，不会引发伦理问题。

但这一概念一经提出，就引起了一场持续至今、旷日持久的大论战。伦理学家认为试管婴儿技术会带来怪胎降世，并故意曲解这项研究，认为爱德华兹是打着治疗不育的幌子，真正的用意是进行胚胎研究；他们还宣称试管婴儿根本无法治愈不孕不育症，因为这样诞生的婴儿成年后仍会不孕不育。针对这一指责，爱德华兹针锋相对地回应道：如果这一逻辑成立，那么具有同样效果的眼镜、假牙和心脏移植等算什么呢？是不是同样应该停止研发和应用？

另一些人认为，当时的主流是减少人口，因此发展安全避孕措施才是正道，而爱德华兹开展的试管婴儿研究无疑与该理念背道而驰。但爱德华兹坚持认为，不孕不育症患者有权利诞下自己的孩子，而他所做的事业就是为了解决这部分人的需求，与主流并不相悖。1971年，英国医学委员会拒绝爱德华兹和斯特普托提出的试管婴儿研究资助申请，但万幸的是，剑桥大学同意了资助。

当然，爱德华兹没有被这些反对的声音吓倒，他毅然决然地启动了研究，因为他坚信试管婴儿对人类具有重大益处。与伦理争论相比，爱德华兹面临的更大挑战在于实际操作过程中遇到的种种难题。首先是交通不便，爱德华兹所在的剑桥大学和斯特普托所在的奥尔德姆相距遥远，1968年到1978年10年间，爱德华兹驱车在两地之间来回奔波。其次是进展不顺，来回奔波固然枯燥劳累，但更令爱德华兹气馁的是实验的一次次失败。尽管动物实验已非常成熟，但在人类实验方面仍有许多困难尚未解决，比如所有实验操作都要尽量不伤害妇女和胎儿，这无疑增加了实验的难度。1971年开始，爱德华兹和斯特普托进行了多次尝试，先后有40个病人都以失败告终。直到1975年，第41个病人才成功怀孕，然而遗憾的是这次胚胎植入到达的是输卵管而非子宫，病人发生宫外孕而不得不终止妊娠。尽管一次次失败，但是两位科学家仍痴心不改，坚定地相信他们的想法一定会实现，随后又有60多位病人接受了胚胎植入，遗憾的是无一发育到最终分娩，直到第103位病人的到来。