艾克曼不久后发现两组患病的鸡都莫名其妙康复了，此时他开始重新梳理实验背后的其他因素。原来，艾克曼所使用的实验室虽在军队医院，但当时归地方管理，也就是说鸡的处理等过程由艾克曼负责，但饲养则由实验室管理人负责。艾克曼了解到，在实验前期实验室管理人为了省钱，将军队食堂吃剩的精米（严格去皮）拿来饲养这些鸡；而在实验接近尾声时发生了实验室管理人更替，新的管理人认为这样做有假公济私之嫌，因此从市场购买糙米（未脱皮）来喂养鸡，也就是在这件事后不久，鸡的病症消失了。

艾克曼开始怀疑可能是饲料本身出了问题。为了证明米的差异是造成鸡患病和康复的原因，艾克曼再次开展研究，仍将鸡分成两组，一组用精米喂养，另一组用糙米喂养。一段时间后观察发现，第一组鸡出现了不同程度的多发性神经炎症状，而另一组则持续保持了健康状态，更重要的是，如果用糙米喂养患病的鸡一段时间，症状就会消失。这个实验清晰表明了食物与鸡的多发性神经炎相关。

从这时起，艾克曼就抛弃了细菌导致脚气病的观点，开始从营养学角度入手考虑问题。艾克曼分析，精米经过脱皮处理，相对于糙米更不容易感染细菌，但是用煮熟后的精米（类似高温灭菌）饲养仍可造成鸡患病，因此唯一的可能就是糙米的外壳中含有预防和治疗多发性神经炎的成分。

艾克曼随后又用鸽子等鸟类进行测试并得到类似结果，尽管鸟的多发性神经炎和人的脚气病是否为同一类疾病尚存在争议，但艾克曼已经信心满满地认定，脚气病发生原因应与营养相关，关键是接下来如何用实验来证实这一结论。