1865年，43岁的孟德尔经过大量的数学推演，终于从豌豆杂交实验中得出最后的结论：生物具有成对的遗传因子，但精子或卵子只分配子代每对遗传因子中的一个。受精时，精子和卵子随机组合在一起，子代的遗传性状符合自然分布规律。遗传因子的独立分配便是基因分离定律，而配子的随机组合则是基因自由组合定律。

孟德尔把自己的研究成果撰写成了论文《植物杂交试验》，在布尔诺科学协会会议厅上连续两次进行了宣读。令他怎么也没有想到的是，来自化学、地质学、生物学等各个领域的40多位科学家，竟然没有一个人听懂他在说什么。当时的科学家都认为，孟德尔仅仅只是研究了豌豆杂交，而不是遗传规律。虽然孟德尔还是在次年发表了这篇论文，但在后续的35年中，他的论文被引用的次数仅有3次。

在那个时代，孟德尔把生物学和数学推理相结合，实验过于超前，让人只觉得他的论文烦琐和枯燥。此时人们在争相讨论达尔文的《物种起源》，对于一篇看不懂的论文没有太多的关心。为了让自己的理论被更多人知道，孟德尔曾向国际上权威的科学家邮寄了自己的论文，后来被证明至少邮寄了13份，但并没有直接证据表明达尔文曾经收到过。当然，哪怕达尔文真的收到，由于没有系统的数学学习，他也不一定能看懂孟德尔的论文。

1868年，孟德尔被选举为修道院院长。第2年，他再次发表了名为《动植物遗传之研究》的两篇论文，提出了显隐性的概念：每一对遗传因子中都有显性性状和隐性性状之分，但只有显性性状才会被显现出来。虽然显隐性定律让孟德尔的遗传定律变得更加完备，但依旧没有多少人去关心。

从那以后，47岁的孟德尔把所有的工作重心都放在了修道院上，完全放弃了科学研究。从1874年开始，孟德尔因为奥地利颁布的严苛税法，与政府打了数年的官司。因为其他修道士向政府妥协，孟德尔最终败诉，他的修道院资金被全部没收，他也患上了严重的心脏病。

1884年1月6日，由于慢性肾炎，孟德尔与世长辞。

令人遗憾的是，为了解决税务纠纷，继承孟德尔的修道院院长烧毁了他收藏的所有文件。关于孟德尔遗传学的研究过程，如今我们只能从他的论文中，窥探到一丝丝的浮光掠影。

不过，伟大科学家的伟大发现，永远都不会被埋没。在孟德尔晚年，挚友尼耶塞尔曾对他研究过程中的遭遇感到惋惜，但他却发出预言道：“看吧，我的时代要来了。”

在孟德尔去世后的16年，来自荷兰、德国、奥地利的科学家独立“重新发现”了孟德尔遗传定律。他伟大的预言变成了现实。从此以后，遗传学进入了孟德尔时代。

后来的整个20世纪，在摩尔根、克里克、沃森等数代科学家的努力下，我们终于知道了染色体和DNA的秘密。而关于染色体和DNA的发现，是生物学发展史上又一个伟大篇章。