青霉素重要性的体现也使弗莱明的荣誉接踵而来。1943年，弗莱明荣获英国学术界最高荣誉——当选皇家学会会员；1944年，弗莱明被授予爵位；1945年，弗莱明、钱恩和弗洛里以“青霉素发现及其对多种传染病的治疗效果”分享科学界最高荣誉诺贝尔生理学或医学奖。1999年，《时代》杂志将弗莱明评为20世纪最重要的百人之一。1945年开始，弗莱明因青霉素的发现而受到全世界欢迎，并担任世界医学和科学大使。更难能可贵之处在于弗莱明心系全人类的伟大情怀。

当弗莱明得知青霉素的生产方法在美国被申请成专利时，他极其愤怒，他是为了全人类的共同利益着想，才将青霉素的生产方法免费给予了他们，而他们却想通过垄断来获取巨大利益。弗莱明有一句名言：“为了我自己和我一家人的荣华富贵，而有意无意地去危害无数人的生命，我是不忍心的。”

1947年，赖特去世后，弗莱明继任圣玛丽医院接种科主任（1947年—1954年），后来该科更名为赖特—弗莱明研究所。从1951年到1954年，弗莱明还担任爱丁堡大学校长。1955年3月11日，弗莱明由于心脏病在伦敦家中突然离世，他的骨灰被安葬于伦敦的圣保罗大教堂。

弗莱明沉默寡言、不爱夸夸其谈的性格，也是他的众多发现不被他人所熟悉的原因之一。但这沉默下的质朴与坚持，也是青霉素最终被科学界接受的理由之一——实际上青霉素被“发现”由来已久，但只有在弗莱明长期的坚持和执着钻研下才终获成功。作为青霉素发现者的弗莱明，也作为最伟大科学家之一而被全世界人类所铭记。

[10]英里：英制长度单位。1英里等于1609.344米。

[11]先令：英国的旧辅币单位。