1843年10月9日，在法郎兹教授的推荐下，孟德尔进入了古老的奥古斯丁修道院，成了一名修道士。奥古斯丁修道院不仅是宗信徒的圣地，也是奥地利帝国摩拉维亚地区的学术中心。

这是因为奥古斯丁修道院的院长纳普不仅是当时奥地利科学协会的负责人，而且在政商两界都很具有影响力。在他的主持下，奥古斯丁修道院十分注重人才的培养，他不仅规定青年修道士需要进修完哲学和数理课程，还需要到中学或大学去授课。

纳普院长培养出克纳谢尔、布雷湍克、萨勒等优秀学生，尤其是克纳谢尔在生物学上有着很深的造诣。当时修道院有专门的育种实验室，克纳谢尔正是负责人。孟德尔在修道士生涯期间，有幸成为克纳谢尔的助手，系统学习了育种知识，为他后来的遗传学实验打下了基础。

除了克纳谢尔外，院长助理迪博尔教授的多门课程也让孟德尔受益匪浅，如植物学、育种学和农作物栽培等，其中人工试验的内容对孟德尔的豌豆实验具有直接启发。

在如此好的学习环境下，孟德尔把自己的所有精力全部灌注在了对科学知识的学习中。

19世纪40年代，随着资产阶级和工人阶级的矛盾达到白热化，欧洲掀起了一场前所未有的革命浪潮。几乎所有的年轻学者都被卷了进去，孟德尔也不例外。不过孟德尔不忍直面战争中痛苦不堪的人们，最终决定沉下心来，把精力全部放在学术之中。

革命的浪潮让孟德尔失去了很多老师和朋友。1849年，克纳谢尔因为出版了《关于社会主义和共产主义的思想起源》而遭受到迫害，不得不逃亡美国。孟德尔在后来的自传中，专门对克纳谢尔表达了感谢。

修道士见习期满后，孟德尔当了一段时间的牧师，主要工作是从精神上安慰医院的病人。但他看到病人受罪的模样，甚至会比病人更先情绪失控。他天生不适合做牧师，最终被解除了职务。这件事对孟德尔的打击很大，回到修道院后，他一度陷入消极情绪之中，找不到人生的方向。

这时，纳普院长对他进行了帮助，介绍他去齐纳姆高级中学当代课老师。不过代课老师的工资只有正式老师工资的60%，要成为正式老师还需要经过全国统一考试。

1850年，持教一年后，孟德尔终于被推荐参加了全国教师资格考试。他成功通过了物理学和气象学两科考试，却落败于动物学这一科。准备几个月后，孟德尔的动物学考试依旧没有通过，乃至于动物学主考官加特纳下了这样的结论：“这位考生不使用学术用语，用自己的语言和观念答题，连初等学校教师的资格也不够。”

但加特纳同时也从孟德尔的物理学和数学成绩中看到了非凡的潜力。他认为，孟德尔没有通过考试是因为没有受过正规大学的全面教育，建议纳普院长把已经28岁的孟德尔送去深造。纳普院长不仅接受了建议，还把孟德尔推荐给了欧洲最著名的学府之一维也纳大学，并在介绍信中对他进行了高度评价。

或许在当时，孟德尔怎么也想不到，进入维也纳大学会彻底改变他未来的命运。