1886年10月，一行人从荷兰出发来到东印度群岛的爪哇岛，在当地军队医院建起一个临时实验室，并迅速投入工作。不久，佩克哈林就从脚气病患者的血液中分离出了一种微球菌，并初步认定是脚气病的致病菌。随后，艾克曼用体外培养的微球菌先后对兔子、狗和猴子等进行注射，遗憾的是都无法制造出脚气病模型，因此他对这种微球菌的致病性半信半疑。

然而，这个项目启动不久就出现重大变故。佩克哈林和温克勒被荷兰政府召回，但他们不想让前期的辛苦付出半途而废，因此大力举荐艾克曼接管这个项目，并建议将临时实验室永久化，由艾克曼担任第一任主任。这个提议很快被荷兰政府接受，艾克曼顺理成章地成为脚气病研究小组负责人，同时还被任命为爪哇医学院（今天印度尼西亚大学的一部分）首任院长，讲授生理学和有机化学。这也标志着艾克曼结束了自己的军旅生涯，作为全职科研人员投入到研究中。

尝试用微球菌感染多种动物失败后，艾克曼认为这些动物可能需要较长时间发病，因此不是理想的模型，能否找到发病快、价格低廉的动物就成为一个重要问题。艾克曼偶然间发现厨房饲养的鸡会患上一种多发性神经炎疾病，而这种疾病在一些表现上与脚气病极为相似。艾克曼认为发现了“新大陆”，这些鸡可能是研究脚气病病因的理想动物模型。为此，艾克曼购买了一批健康的鸡进行实验。他将这些鸡分为两组，一组给予细菌感染，另一组则不接触任何病原体。1个月后艾克曼进行观察，初步结果令他欣喜若狂，因为第一组鸡确实患上了疾病。艾克曼对尸体进行解剖和组织观察后确定鸡的多发性神经炎和人的脚气病非常类似，可看作同一种疾病。这一结果好像证明了科赫法则第三条要求，但另一组的结果却又令艾克曼大失所望，因为这些没有接种细菌的鸡也出现了症状。艾克曼将此解释为实验设计有瑕疵，因为两种鸡混养，生病的鸡会感染健康的鸡，从而二者患上相同疾病。为此，艾克曼重新买了一批鸡，将两组鸡处理后隔离喂养，1个月后他发现两组鸡再次毫无差别地染上了相同疾病，艾克曼也再次为自己寻找理由，认为这是饲养两组鸡的鸡舍被致病菌污染的缘故。艾克曼进行了第三次实验，这次，他将鸡放置在一个经过彻底灭菌的新环境里，最终结果是两组鸡仍然没任何区别，都出现了发病情况。这下艾克曼彻底无语了，对这个结果感到一头雾水，实在想不出自己的实验设计存在何种疏漏。

然而，艾克曼并未放弃研究和思考，不久，一件更为奇怪的事情出现，从根本上改变了他的思路。