《本草纲目》共16部，52卷，约190万字，全书共收纳诸家本草所收药物1518种，新增药物374种，共计1892种，其中植物有1195种。共辑录古代药学家和民间单方11096则，书前附药物形态图1100余幅。

在医学领域，《本草纲目》有很多创新性的记载，重视中医的辨证论治，主张依病开方，反对“一方可以通百病”的说法。李时珍既懂治病，又对阴阳五行学说、天人相应学说等理论知识有深入的研究；既对前人的精华内容进行了继承，又在此基础上提出了很多创造性的新发现。因此，李时珍和他的《本草纲目》在医药学史上具有十分重要的地位。

在分类学领域，李时珍创造了人为分类方法，将1000多种植物，据其经济用途与体态、习性和内含物的不同，先把大同类物质向上归为5部（即草、木、菜、果、谷为纲），部下又分成30类（如草部9类，木部6类，菜部5类，果部6类，谷部4类为目），再向下分成若干种。不仅提示了植物之间的亲缘关系，而且统一了许多植物的命名方法。这种按照形态和使用价值相似分类的方法，为后来植物分类学的发展提供了理论基础。甚至，李时珍已经有了生物进化的思想。在动物类药物中，他根据动物构造的复杂性，依次分成虫、鳞、介、禽、兽和人等部。

在矿物学和化学方面，李时珍已经开始注意地球化学分区的现象。在《本草纲目》中记载了无机单体化学元素19种，对每种物质的来源、鉴别和化学特性都有比较详尽的叙述。同时，整合记载了蒸馏、蒸发、升华、重结晶、风化等各种现代化学的方法，用于药物制备。该书对药物栽培学、天文学、生理学等方面的内容也都有所记载。

《本草纲目》不仅仅是中国的财富，更对世界的医药学、植物学、动物学产生了深刻的影响，先后被译成日、法、德、英、拉丁、俄、朝鲜等10余种文字在国外出版。书中首创了按药物自然属性逐级分类的纲目体系，这种分类方法是现代生物分类学的重要方法之一，比现代植物分类学创始人林奈的《自然系统》早了一个半世纪，被誉为“东方医药巨典”，达尔文也称其为“中国古代的百科全书”。

除了《本草纲目》之外，李时珍的著作还有《奇经八脉考》《濒湖脉学》《命门考》《濒湖医案》《五脏图论》《三焦客难》《天傀论》《白花蛇传》等。

李时珍的科学思想和方法也流传后世。虽然李时珍从小就接受儒家封建礼教，但一直坚持自然科学唯物论原则。他认为要掌握本草的内容，得其要领，重要的是“在用者能得肯綮，而执其枢机焉”。他不仅仅局限于医药学，认为本草只是芸芸众生中的一小部分，还能够辩证性地看待自然界事物。古代的本草学者大都不能全面认识本草各个时期的生物形态和药物性质，因此不同的人常常对同一生物的看法都不一样，不能够辩证地去了解时间和空间上的变化给生物带来的影响和差异。而李时珍从自然科学的角度研究中草药学，在深度和广度上都远远超过前人。

同时，他具有实事求是的科学态度，对于那些反科学的言论嗤之以鼻。他只记录自己亲自经历、实践验证过的事情，对于无法判定真伪的记录时刻保持怀疑态度。他研究自然事物的规律，非常注重结论的准确性和科学性，《本草纲目》所具有的不可替代的科学价值也来源于此。

《本草纲目》能够一代代流传下来，是因为该书科学性和准确性并存。李时珍之所以能够流芳后世，是因为他兼具科学家的严谨冷静和医者的悉心仁爱。他以医者的仁心去救人，以科学家的严谨去著述，以儒者的执着去坚守初心。“寿国以寿万民，寿万民以寿国”，李时珍用自己的一生诠释了何谓“苍生之大医”。

在那个科举至上的年代，在那个崇尚炼丹长生不老的社会，在那个医者不被尊重的环境，他用自己的坚守换来了世代相传的医者仁心。他一生都在逆流里，可一直都在前进。