1868年，经过时任教育部长的德留依的推荐，45岁的法布尔获得雷自旺·得努尔勋章，并拜谒了拿破仑三世。

这一年，法布尔本计划把自己的茜草染料工业化，但德国人却研究出了化学合成染料蒜硫胺。这种容易获取的染料让法布尔的茜草工业计划被彻底摧毁。而在教育上，由于受到保守派的反对，他也在这一年辞去了教授的职务。他的老朋友德留依也在保守派的反对下，于第2年辞去了教育部部长的职务。

1870年，47岁的法布尔举家搬迁到奥朗日，为了这次搬迁，他还向老朋友米勒借了一笔钱。他独自一人抚养一家七口，不得不依靠科学读物的出版来支撑。屋漏偏逢连夜雨，1871年正好遇上德法爆发战争，出版社无法按时付给法布尔稿费，他的生活更加雪上加霜。

1873年，随着米勒去世，法布尔还被迫辞去了鲁基亚博物馆馆长的职务。几经剧变，法布尔的收入来源不得不全部依靠图书出版，于是在接下来的几年里，他先后出版了数学、植物、物理方面的科普读物。

在这一时期，二儿子朱尔的陪伴带给了他诸多的安慰。然而，就在1877年那一年，法布尔遭受到了此生最为沉重的打击。已经54岁的他，白发人送黑发人，不得不直面朱尔因病去世的事实。他甚至连续把3种蜜蜂亚种用朱尔命名，来寄托自己的哀思。

1879年，法布尔完成了《昆虫记》第一卷，在这本书中灌注了对朱尔所有的爱。这一年，因为房东把门前的两排悬铃木砍掉，法布尔愤而搬家。他买下塞利尼昂的一片不毛之地和小屋，取名荒石园。对外人来说，荒石园简直就是一片荒凉之地，但对法布尔来说，这却是一片自由的乐土。这里有他最心爱的昆虫，也有儿子朱尔想要完成的梦想。从此之后，法布尔再也没有搬出过荒石园。

经过30年的耕耘，1907年，84岁的法布尔终于带着对朱尔的思念完成了全套10卷的《昆虫记》，然而《昆虫记》的销量却一直不怎么理想。法国学士院在法布尔82岁时给他颁发了吉尼尔奖，赠予他3000法郎的养老金。但因为贫穷，他还得不断接受各方人士的捐助。

1908年，布罗班斯诗人米斯托拉开始为法布尔奔走呼号，终于在法布尔87岁时，把4月3日订为了“法布尔日”。《昆虫记》扬名于世，法布尔也时隔43年再次荣获雷自旺·得努尔勋章。在这一年，法布尔以“昆虫界的维吉尔”之称，被推荐为诺贝尔文学奖候选人。

1915年10月11日，92岁高龄的法布尔在荒石园与世长辞。

法布尔一生清苦，多次经历骨肉离世之痛，但他蓬勃的生命力量和研究精神却永远值得我们学习。他留下的宝贵著作《昆虫记》，也值得我们每个人去认真阅读。