由于长年奔波，加之饮食粗陋，徐霞客的身体已经积劳成疾。待他到鸡足山后，浑身都出现了疹子，皮肤红肿，不时有瘙痒之感。常年在外的徐霞客原不以为意，认为就是染了虱子、跳蚤，直到病情严重之后才发觉，由于长期在潮湿泥泞的环境中行走，自己的风湿病已经很严重了。从最开始的煎服汤药略有好转，发展到双脚失去知觉，最后已是无法行走。

明崇祯十一年（1638年）九月，徐霞客经历了压垮他游历路程的最后一件事，跟随他多年的仆人顾行偷了他的财物后逃跑了。多年来，徐霞客与顾行相互依靠，他一直陪伴徐霞客，不离不弃。但多年在外奔波，不再年轻的顾行备受思乡之苦，最后弃徐霞客而去。徐霞客从心底理解他多年的老伙伴，拒绝了寺里僧人帮他追赶的好意，但仍悲痛不已。在那之后的日子里，徐霞客的身体每况愈下，归乡之情也逐渐迫切起来。

明崇祯十三年（1640年），徐霞客告别悉檀寺的僧人们，在8个纳西壮汉滑竿运送的帮助下开始返乡。经过几个月的奔波，徐霞客终于回到老家。破败的身体令徐霞客每日只能卧床休息，游历一生的大旅行家无法行走，无法会客，只能每日摩挲着旅途中收集的纪念品，怀念旅途中的种种风光，是多么悲哀呀！

或许是感觉自己命不久矣，徐霞客把好友还有先生叫到床前，取出他的游记手稿，说：“我一生游历，丝毫不敢懈怠，游完必记载，手稿杂乱，我的身体时日无多，恳请代为整理。”

他没有等到这本书的面世，直到临死前都还握着考察时带回的两块石头，回想自己奔波的一生。明崇祯十四年（1641年）正月二十七，徐霞客结束了他传奇的一生，被葬在前马桥之原。

徐霞客去世后3年，清兵入关南下，遭到了江南人民激烈反抗，然而寡不敌众，遭受了“扬州十日”和“嘉定三屠”。江阴被围困期间，开展了一场针对地主的活动，富裕的徐氏家族成了奴仆们斗争的对象。由于处处被围攻，徐霞客的长子及其他亲人不幸遇难，《徐霞客游记》的手稿也因此丢失，所幸民间人士传抄他的日记，部分内容得以留下。

四十几年后，徐霞客的小儿子李寄挽救了《徐霞客游记》。他走完了徐霞客走过的大部分地方，收集各种相关碎片，并用5年的时间进行整理。他一生坎坷，终身未娶，终为后人留下了《徐霞客游记》。

徐霞客一生游历，足迹遍及江苏、浙江、安徽、山东、河南、河北、北京、山西、陕西、江西、福建、广东、湖北等省市，这背后是无数的艰辛和坚持。徐霞客的一生只做了旅行一件事，完全追随着自己最初的内心，而他一生的游历也酝酿出了《徐霞客游记》这样的传世巨作，鼓舞了无数追求梦想的后人。

传奇的经历，惊世的巨著，都化为他墓碑上的九个字：明高士霞客徐氏之墓。

[1]亩：中国市制土地面积单位，明朝的一亩约为614.4平方米。