虽然文章被发表，但是马歇尔的观点仍不被大多数科学家和临床医生所接受，他们质疑马歇尔的理由是：实验数据不足以支持幽门螺杆菌致病这一结论。他们认为这些细菌要么是操作过程中被污染了，要么本来就是无害共生菌，根本不会导致疾病，更有甚者，宣称无法重复实验，不排除马歇尔作假嫌疑。

按照科赫法则，需要从动物模型中复制出幽门螺杆菌致病的结果，但遗憾的是马歇尔多次对实验室小鼠进行操作均未成功，而直接用人进行实验根本无法通过医院的伦理学审批。面对这一窘状，马歇尔决定置之死地而后生，那就是拿自己做实验材料。做出这一大胆决定的原因一方面在于这是面对质疑最有效的回击方式，另一方面是对自己研究结论的自信，那就是即使染病，也可通过抗生素治疗实现痊愈。

马歇尔首先进行胃镜检查，证明自己确实未曾感染幽门螺杆菌；第二步从胃溃疡患者胃内取出细菌后在体外进行大规模培养、收集，马歇尔再将之喝下。5天后，马歇尔开始感觉不适，每天晚上醒来时胃痛和呕吐，同时伴发口臭等症状；10天后，他再次接受胃镜检查，发现胃内出现大量细菌，体外确定为幽门螺杆菌。至此，马歇尔严格遵循科赫法则证明幽门螺杆菌确实是引发胃病的一种病原体。更为重要的是，马歇尔随后对自己进行抗生素治疗后顺利痊愈，第三次接受胃镜检查时发现，已无细菌存在。这个看起来有点“不道德”的实验为马歇尔的结论提供了直接证据，论文最终发表在《澳大利亚医学杂志》上，成为该杂志引用次数最多的文章。

尽管马歇尔不在皇家珀斯医院工作，但仍与沃伦保持密切联系和经常性的科研沟通。当马歇尔将最新成果与沃伦分享时，沃伦也是欣喜万分，他意识到他们的成果很快会被同行广泛接受。恰在此时，沃伦接到一个来自美国《星报》杂志的越洋电话，询问有关幽门螺杆菌研究的最新进展，沃伦详细介绍马歇尔亲力亲为的实验结果，经报社编辑“添油加醋”式的宣传报道，竟收到意想不到的效果。美国民众获悉澳大利亚医生发明了一种治疗胃溃疡的新疗法，咨询信息接踵而来，部分深受胃病折磨的患者亲自来到马歇尔所在医院进行治疗，事情开始出现重大转机。