尽管鸡的多发性神经炎与人的脚气病有相似性，但二者毕竟存在差异，特别是艾克曼的研究初衷是解决人的脚气病问题。1897年，艾克曼经过调查发现，患有脚气病的人群相对而言吃精米的比重确实大，暗示二者之间确实有内在关联。为了得到更确定的结果，艾克曼进一步开展队列实验：一组给予精米饮食，另一组给予糙米饮食，经过一段时间后发现，精米饮食组脚气病患病率为2.8%，而糙米饮食组患病率不到0.01%，二者相差高达约300倍。当为脚气病患者替换为糙米饮食后，疾病很快得以痊愈，这一结果坐实了艾克曼的前期研究结论，即人的脚气病也是一种与营养相关的疾病。

艾克曼推测食用精米之所以会患上脚气病是源于米中存在一种有毒物质，而外壳中恰好含有中和有毒物质的成分，因此二者合用（糙米）才能避免脚气病，外壳中的这种成分顺理成章地被称为“抗脚气病因子”。艾克曼因此成为第一个阐明营养缺陷疾病并发现治疗方法的科学家。

1897年底，艾克曼由于身体健康状况不佳无法维系进一步的研究，因此再次返回荷兰。1898年开始，艾克曼担任乌得勒支大学卫生和法医学教授，鼓励学生自由思考，反对教条思维。此后，艾克曼主要致力于细菌学、卫生学和公共卫生方面的研究，发明了著名的艾克曼测试法，用于测定水是否被人类或动物粪便污染，以及是否存在大肠杆菌。