考古解密了一部分疑惑，但另一部分疑惑，也随着发掘的不断深入，变得越来越浓重。

一个最基本的疑问就是：凌家滩大批量的玉材来自何地？依照地质状况来判断，凌家滩附近方圆数百公里的地方，都没有玉材。那么，这些精美异常的玉石，究竟来自何地？凌家滩部落的人们，为什么要千里迢迢地去采掘大量的玉石呢？

有一种说法是，凌家滩的玉材，大都来自不远处的大别山。大别山中段霍山那一段，有极佳的石材，从质地来看，多是透闪石、阳起石，跟凌家滩出土的玉器材质相似。不过另一个疑虑随之产生，如果凌家滩因为地理原因靠近这些玉石产地采掘方便的话，那么，像红山口，像良渚，为什么也有质地相同的玉呢？那些不同氏族公社的人，为什么会同时欣赏和喜欢这一类型的玉？还有，这些玉器在氏族公社中到底扮演一种什么样的角色？除了财富权力、社会、审美之外，是不是还寓意着某些其他东西？

另一个让人觉得难解的问题就是，无论是凌家滩，还是红山、良渚，它们各自拥有的玉器，无论是在形状上，还是在雕刻工艺上，都极其相像。比如说在凌家滩发掘的中华玉龙、玉龙猪、玉铲等玉器，在黄河下游的大汶口文化遗址以及太湖地区的良渚文化遗址，都有所发现。这样的现象，说明早期从黄河到太湖之间相差数千公里的氏族部落，文明程度相同，爱好也相同，这也意味着这些原始部落之间的交往比较密切，或者，这些部落存在着某种承前启后的关系。但根据有关资料记载，这些部落，在当时应该是相对独立的。一个随之产生的疑问是，为什么处于人类历史五千多年的新石器时代的中华部落，像红山、大汶口、河姆渡、良渚、薛家岗等，会同时喜欢上这种叫“玉”的精美石头呢？这只是审美意识上的相同吗？会不会存在着某种必然性的，或者是情理之外的东西？

人类的问题，就是这样充满玄机。在某种程度上，它甚至与人类的根本有关系。譬如，人从哪里来，又到哪里去？顺着人类文明溯源而上，你会发现这些疑问纠缠交织，错综复杂，如夜晚的星空一样，闪烁着绚烂而深不可测的光芒。

有关凌家滩文明的最后一个疑问就是——在巢湖边上的这个颇具规模的氏族公社，为什么在凸显一段文明光华之后，突然地消失了，并且，消失得无影无踪？就现有的资料来看，似乎没有任何文字表达过这个氏族公社的来龙去脉。这一段在红土岗上所呈现的历史，就像一个断章，孤零零地落在那里；也像一棵死去的老树，在乱坟之中兀然独立。有流星从黑漆漆的夜空划过，人们恍惚茫然，星光消失，没有灰烬。

这个庞杂的部落人马，在凌家滩驻扎了很长一段时间之后，究竟去了哪里呢？那个据说潜伏在巢湖湖底的古城，跟凌家滩氏族公社有关联吗？或者，凌家滩部落与此前相隔不远的和县猿人，或者，跟生活在黄淮平原的东夷部落，也就是太皋与少皋，是否存在着某种前因后果？太皋就是传说中以蛇为图腾的部落。凌家滩出土的 “中华第一玉龙”跟它有着某种联系吗？还有，凌家滩部落跟稍后活跃在长江流域的蚩尤部落有没有前后关系？……这些纷纭复杂的疑问，在面对空蒙的历史时，会云腾雾绕般一拥而上。无论是凌家滩、巢湖水底的古城，还是在此前后的红山、薛家岗、良渚，它们都像历史摔落在地上的碎瓷片，等待着某些内容去填补空白，将它们粘贴在一起。

张敬国教授曾经有一个大胆的推断，凌家滩氏族公社历史的突然中断，极可能是因为一场特大的洪水，水面位置上抬之后，淹没了凌家滩。居住在凌家滩一带的人，在迁往高地避难一段时间之后，惶恐于这一带的居住环境，于是在水位落下之后，集体乘筏由裕溪河导入长江，然后，进入江南，以致形成后来的良渚文化。

应该说，这种推测是有道理的。因为良渚文化与凌家滩文化如此相似，仿佛同根同源。或许，还真是因为一场大水，带来了凌家滩部落的迁居，也带来了文明的南下、转移和渗透。人类文明一直跟水有关，如河汊一样向四周延伸；也如水汽一样，向四周漫漶开来。

中华文明就像玉，它如玉本身一样隽永，也如玉本身一样神秘。